然而，1831年，平静的生活被罗伯特·费兹洛伊船长（Captain Robert FitzRoy）所打断，费兹洛伊打算乘“贝格尔号”对南美的海岸进行两年的考察，他需要一个温和的年轻人，最好是自然学家，与他结伴同行，一同就餐——其实就是想在这个漫长乏味的旅途中找一个同社会阶层的人作为精神与智力伙伴。他选中了达尔文，达尔文不顾父亲的强烈反对，毅然选择了这次航行。而正是这次航行（历时五年，不是预期的两年）改变了他的一生。
达尔文随时以积极的心态去发掘世界的自然奇迹。他曾精读过赖尔（Lyell）开创性的著作《地质学原理》（Principles of Geology），在剑桥参与讨论过物种从伊甸园形态“变形”的设想，他还非常清楚地认识到化石决不仅仅是诺亚洪水后的遗物。在“贝格尔号”航行中，他异常勤奋地工作，奠定了他日后名声显赫的基础。无论“贝格尔号”在哪里靠岸，他都会登上陆地，收集标本，观察地质层，骑马向内陆行进几公里寻找新的素材，有时一去就是几周。他的助手经常也是为他忙得团团转，为他保存骨头、兽皮、石头及压制好的植物，后来达尔文把这些成吨的材料全部运回了伦敦。
达尔文将五年重要的海上考察生活写入了第一本畅销书《贝格尔号纪行》。这是一本集科学考察报告与游记于一身的优秀著作，每一页都散发着生气、好奇及达尔文对生活的无限热爱，每一页都闪耀着达尔文有建设意义的航海历程的光辉。任何对自然世界或对环球旅行有丝毫兴趣的人都会品味到这本书的乐趣，而那些热爱自然热爱旅行的人，对这本书更感觉如获至宝。
1836年达尔文返回英国，自此再没登上船板一步。随后他同表妹艾玛结婚，建立自己的家庭（最宠爱的一个孩子的夭折成了维多利亚时代的一个典型悲剧），家安在肯特的一个宽敞舒适的房子里，并开始专心投身于生命构造的伟大研究中。从达尔文的日记看，早在1837年他就开始酝酿自然选择进化论了。但他一次次投身于理论研究，一次次却又束之高阁。他经常患上未知的疾病，现在看来肯定是与压力过大有关。达尔文明白，自己的进化论会直接挑战《圣经》中的上帝创造论，让他痛苦的是，他的挑战会给许多自己喜爱与尊重的人带来痛苦。首先就是他深爱的妻子，妻子的宗教信仰比他传统得多。不过，在此期间他没有停止对“贝格尔号”运回的标本进行研究分析，并发表了详尽介绍藤壶（一种蔓足亚纲的海洋甲壳类动物，成年期形成硬壳且固着在没入水的表层，如岩石和船底，译者注）的论文。他还与犬类饲养员、驯马师、鸽子培育员进行交流（像达尔文这样高贵的中上层阶级一般可不会与这些下人打交道的），从家禽饲养员的人工选择中寻找自然选择的蛛丝马迹。 |
