在一些记载中说是在明建国初便把这样的宫殿拆毁了。流传的说法也如此。这种记载及说法的根据是《故宫遗录》中的两篇序言：一为吴伯节序，说肖洵“奉命随大臣至北平毁元旧都”；一为赵琦美序，说“洪武元年灭元，命大臣毁元氏宫殿”。如果仔细分析并参阅其他记载，便可以发现这些说法有不少地方值得怀疑。分析如下：
1《故宫遗录》诚然是一篇关于元故宫比较完整的记录，从它的体例看很像一篇游记。本文中丝毫没有提及拆毁元故宫的事，没有著作年代，也没有自叙和题跋之类的附文。那两篇序是后来别人所写的。而且作者与肖洵都没有直接关系。
2《故宫遗录》第一篇序的作者是吴伯节。是在洪武二十九年，从朋友高叔权处看到肖洵的原稿，只说“革命之初……奉命随大臣至北平毁元旧都”，并没有说毁故宫。第二篇赵序是明万历四十四年所作，和洪武元年已相隔237年，不但元大内早已无存，明皇宫也已完备了。他所说的“……毁元氏宫殿，卢陵工部郎肖洵实从事焉”只是200多年前的传说。
3在明初的《实录》以及其他记载中也没有提到拆毁元故宫的文字。只有“大将军徐达命指挥华云龙经理元故都、新筑城垣，南北取径直长一千八百九十丈”的记载。拆毁宫殿是件大事，不会没有记录。例如元初建上都大安阁而拆毁开封熙春阁的事就有稽可查。徐达“经理元故都”并不是“毁城”而是“建城”。以（元，围城太广，乃减其东、西迤北之半，创包砖甓”，出于军事防御的需要把元旧大都的北城墙往南移了5里（即现在德胜门和安定门的地方）。当时连南城墙都没有更动。直到永乐十七年全面营建北京都城和皇宫时，才把南城墙（在现今长安街）南移至现在前三门一带。“永乐十七年拓北京南城计二千七百余丈”。 这样才出现了皇城前千步廊、使皇城大门——承天门（即天安门）座落在长安街正北，而把皇宫从元大内的位置南移。
4《故宫遗录》中所说的琼华岛、兴圣宫和隆福宫，在整个洪武、建文朝（共35年）仍然存在。朱棣被封为燕王以后，就以隆福宫作燕王府。《祖训录》营缮门中特别申述：“凡诸王宫室，并依已定规格起造，不许犯分。燕府因元旧有，若子孙繁盛，小院宫室任从起造”。到建文元年，朱允炆指责朱棣所住的地方“越分”。朱棣上书辩解说，“谓臣府僭侈，过于各府，此皇考所赐，自臣之国以来二十余年，并不曾一毫增损，所以不同各王府者，盖《祖训录》营缮条云，明言燕因元旧，非臣敢僭越也”。也就是说，元隆福宫直到建文元年仍然完好，没有经过改建。至于琼华岛部分更有许多记载证明它没有拆毁。琼华岛上的广寒殿原是忽必烈居住的地方，于万历七年倒塌，当时的首辅张居正记：“皇城北苑有广寒殿，瓦甓已坏，榱桷犹存，相传以为肖后梳妆楼。成祖定鼎燕京，命勿毁，以垂鉴成。至万历七年五月，忽自倾圮，其上有金钱百二十文，盖镇物也。上以四文赐余，其文曰至元通宝。按至元乃元世祖纪年，则殿劫于元世祖，非辽时物矣”。由此可见万历七年（公元1579）以前，琼华岛上的重要建筑仍未毁掉，是在洪武元年以后的二百多年才倒坍。
5洪武二年，朱元璋召集群臣，讨论建都地点问题。有人提议建在北平，理由是“元之宫室完备，就之可省民力”。说明当时元故宫仍然完备。朱元璋并没有拆毁它的意思，只是说改建起来并不省力。由此反证当时并未下令拆毁元故宫。
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