根据以上记载，明代除第一次是创建，其他三次全是重建。而清代的四次营建中只有康熙三十七年(1698)明确提出“重建太和殿”，以后均是维修。从解放后维修故宫建筑观察所得，清代重建规模须弥座是明代之旧基。大殿与基座相比则显示不匀称。现在的太庙建筑殿与基座匀称合理。
1644年在明末清初是个重要的年代。这一年是甲申年，李自成的起义军推翻了明代的北京政府，大顺朝仅成立四十天就被满族的清朝所取代。奇怪的是李自成的登基、清摄政王多尔衮的执政，都没有在金銮宝殿，而是在武英殿举行。清政府在北京成立是顺治二年，当年的大事之一就是“兴太和殿、中和殿、位育宫工”，工程前后进行了一年半左右。根据这种情况判断，三殿在甲申这年势必有所破坏和损伤，但不会是全部毁坏。顺治二年至三年期间，全国各地抗清斗争非常激烈。清朝刚刚入关，不可能用很大人力和财力进行浩大的工程，也不可能在一年半的时间对三殿进行拆旧建新，充其量不过是一次较大的维缮。
清康熙八年（1669）和三十七年（1698）的营建太和殿，已经处于清政权稳定时期，对象征皇权的三殿则根据满族统治者的政治需要进行改建。从明代宫殿图和现存建筑对照，三殿的改变并不大。如前所述，把平廊改为夹室，把斜廊改为隔墙，从斗拱看似较明代为精致。那么康熙朝的敕建和重建应属于重大改建或翻建，而乾隆朝则是一次较大的维修。只有太和门是清末光绪二十四年(1898)载湉举行大婚前被火烧毁。由于当时婚期已定，按照清代制度，作为正式皇后必须经由前朝太和门进宫(按西太后原系由秀女选拔出身，她最初进宫无资格从朝门进入)。清政府下令由北京棚匠(扎彩工人)连夜搭成一座逼真的太和门，转年再重建。所以现存的太和门是故宫最晚落成的一座建筑。
三殿每失一次火都是当时全国性的灾难。永乐十九年（1421）三殿火灾后，到正统五年（1440）才重新兴建。《英宗实录》载，正统五年三月建奉天、华盖、谨身三殿，乾清、坤宁二宫。发现役工匠、操练官军七万人兴宫，六年九月三殿两宫成”。从施工看时限为一年，但清理和备料却是二十年间的事。《见闻录》载：永乐十九年辛丑，只三殿灾迟之二十一年至正统六年辛酉工方完。仁宗、宣宗、英宗三朝即位时皆未有殿。今日三殿二楼十五门俱灾，其木石砖瓦皆二十年搬运进皇城之物……。
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