１９１８年９月，与他此时面对的严峻挑战相比，艾森豪威尔以前遇到的一些问题已经不算什么了。他被迫想尽各种办法，来对付一个远比世界大战更为致命的威胁。一种名为“西班牙流感”的致命疾病突然爆发，并在世界范围内迅速传播，像飓风一样横扫美国。虽然确切的死亡人数难以统计，但是据估计，１９１８年，病毒使５４８0００名美国人丧生。此前从未出现过这种景象。一夜之间，殡葬业成了增长最快的行业。据估计，全世界共有２０００万到1亿人死于这种可怕的疾病，其死亡率是普通流感的２５倍。美国陆军也无法幸免。实际上，部队的经常转移也助长了流感的传播，最终有１／ ３的士兵感染了流感病毒。在流感结束以前，美国人的平均预期寿命已经下降了１２岁，令人惊愕。
克尔特营的军医托马斯·斯科特中校最初忽视了生病士兵的突然增多，后来才意识到犯了错误，开始把病人安排在营里的隔离区。所有的疫苗都试过了，但没一个有效果。士兵们开始死亡（通常在一夜之间），用艾森豪威尔的话来说，这个严重的问题成了他的“噩梦”，疾病开始蔓延到葛底斯堡的城镇。医院外面排起了长队，没有那么多地方和棺材存放死者的遗体。一种恐惧的感觉笼罩了克尔特营。（有一个士兵被认为已经死了，被抬到了停尸房，一丝不挂地和其他死者躺在一起。后来，当战友们来向他最后告别时，这个士兵醒了过来，说：“让我离开这儿！”他的战友们被这古怪的事情吓得几乎发疯，跳着脚跑出了帐篷，一直跑到“皮克特进攻”的地方。部队正在这里等待注射疫苗，以避免其他疾病，如天花和伤寒。）在医院不够用的时候，艾森豪威尔把多出的病人转移到葛底斯堡的教会学校和当地的教堂———这些地方也变成了临时的医院。
医务人员强制性地把病人和营里的其他人隔离开来，要求注射疫苗和每天检查。在对付这场流行疾病的时候，艾森豪威尔也为家人的安全担忧。斯科特医生自己配制了两种鼻腔和咽喉喷雾剂，他在艾森豪威尔、他的幕僚、玛米等人的身上试验。其中一种药的毒性非常强，艾森豪威尔每天喷两次的时候，都感到脑袋好像要爆炸一样。这种治疗方法是否有效不得而知，但是用过这种药的人没有一个得病的。一个星期以后，流感得到了控制，但是在这场危机过去以前，克尔特营已有１５０名士兵死于西班牙流感。与其他军事机构的反应相比，艾森豪威尔和他的医务人员所采取的行动效果明显，以至于陆军部命令他派３０位医生，到其他军事基地去培训那里的医务人员。
虽然美国军队避免了大规模死亡，但是西班牙流感和肺炎所杀死的军人（５２０１９人）比在战斗中牺牲的人数（５０４７５人）还要多。艾森豪威尔从来没有忘记他的首席医生的贡献，在回忆录里，他说斯科特是“我永远感激的人之一”。 |
