在孔昭焕接二连三地遭到乾隆皇帝处罚的同时，处于安富尊荣地位的孔子家族内部也出现了剧烈的家族内部矛盾。
首先是孔继汾撰书罹祸和孔继涑被开除家族之事。
孔继汾，字体仪，号止堂，是孔子第六十八代孙、袭封衍圣公孔传铎第四子。孔继涑，字体实，号信夫，是孔传铎第五子，孔继汾之弟，在叔伯兄弟中排行第十二。由于他职明好学，才华过人，所以，又被称为“十二才子”。兄弟二人各自遭难，但来龙去脉并不相同。
孔继汾自幼博闻强记，谙熟经学，对历朝掌故、庙廷朝仪及金石图像等也都十分熟悉。乾隆三年(1738年)恩取贡生，十二年(1747年)科试及第。乾隆驾幸曲阜，孔继汾多次充任引驾官，为乾隆皇帝讲过《中庸》。历任国子监中书、军机处行走、户部广西清吏司主事等。乾隆二十一年(1756年)，因袒护庙户及免差碑事，被革职还乡，以著述为事。计著有《阙里文献考》一百卷，《阙里仪注附力仪纠缪集》三集，《丧祭仪节》一卷，《乐舞全谱》二卷，《行录诗草》二卷，《嫡系小谱》十卷，《孔氏家仪》十四卷，《家仪答问》四卷，《孔子世家谱》二十二卷。乾隆五十年(1785年)，因族人孔继戌控告《孔氏家仪》有违大清会典等句，再次被革职，并被发配伊犁。次年，孔继汾客死杭州，享年六十二岁。
据孔继汾自称，《孔氏家仪》一书作于乾隆二十七年(1762年)。其时衍圣公孔昭焕续娶，孔继汾以叔祖身份“咨问仪注”。当时，浙江人江衡劝孔继汾将“家庭吉凶诸事，俱撰成仪注”，孔继汾因此纂集成《孔氏家仪》一书。乾隆四十九年(1784年)十一月十一日，原孔府四品执事官孔继戌，见文上告孔继汾于山东巡抚衙门。其文称：“革职捐复主事孔继汾，著《孔氏家仪》一部，内有增减服制，并有‘其分之显悖于古者’，‘于区区复古之苦心’等句，违背之处，卑职阅之心寒。伏查我朝盛典，礼仪制度，昭然大备，中外臣民，莫不遵行，职父孔传可，曾任江宁藩司，卑职参系四品官，世受主恩，至优至渥，捐躯难报，不敢不据实禀明，对《孔氏家仪》一书，不敢匿藏，将原书呈上。”
其时，正是文字狱风行的时代，山东巡抚白钟山收到控告信后，不敢怠慢，一面上奏请旨，一面派员赴曲阜对孔继汾家进行搜查，并传孔继汾赴省审讯。
针对孔继戌及山东巡抚等的指控，孔继汾做了非常详细的答辩：
(一)关于孔继戌所谓“增减服制”之事，孔继汾答称：《孔氏家仪》“不过记载家庭仪节，俗间通行之事，原不关系朝廷典制，惟服制一项，必应遵照律令，而律文以简该繁，原有待人推原比照之处，俗人不尽通晓，往往疑不能决，故敢与律参用。”
(二)关于“其今之显悖于古者”一句“说的是家庭现今行事，有显悖古昔祖风之处。凡书内古今二字，都是指今俗古俗，并非指斥今制，有干违悖”。
(三)书中之所以有“改过”“究改”现句，是因为“书刻成后，每自己见文理未协办处，即行更正。”“《家仪》之外，原有《答问》四卷，因俗行失礼之事，正书注内未经说究者，又别论之，备人采择，本与《家仪》各行，不常刷印送人，上年因修改家谱，曾将《答问》版改用数块，是以不全”。自序内“今之显悖于古者”一句，之所以被“究改”，是因为该句就是下文俗之“万万不可以者”，二者“文意犯复”。孔继汾还指出，孔继戌“昔年曾因太常博士悬缺，继戌图得此缺，前衍圣公不允，咨补继汾之子广册”而积冤于孔继汾，此举纯属诬告。
(四)所谓书内“语气字句狂谬，妄生议论，指斥会典”，孔继汾辩称：“继汾世受国恩，身登仕版，何敢萌狂悖之心？当初做这书时，并无是无端要议论服制。因家庭之间遇有丧事，就要穿服，不得不考较一番。俱系于律内推求，并非于律外添设。”并对书中“服制四条”举例说明。
尽管孔继汾的答辩有理有据，仍被认为是“强词夺理”、“殊属狂妄”。最后，山东巡抚令将孔氏《家议》逐条贴上黄签，连同孔继汾的答辩词一并上呈乾隆皇帝，请皇帝定夺。
乾隆五十年(1785年)三月十日，乾隆皇帝根据山东巡抚的奏请，谕令交大学士九卿会同刑部“严审”，“定抚具奏”。控告孔继汾的孔继戌也被谕令“解部瓦质”。
四月初，孔继汾被押解至京，大学士公阿会同九卿、刑部，当即开庭审讯。除山东巡抚在原书中签出各条外，公阿等又在书中找出了“后王德薄，不能以身教”，“行服时或应以明会参酌”两条。孔继汾逐一进行了答辩。在谈到新找出的两条时，孔继汾说：“‘后王德薄’是指晋唐时而言，下文才说到朱子作‘家礼’一节，又说到我家沐盛朝之化，尚循古法等句，只求将原本阅看，就是恩典。至于‘应以明文参酌’，系指殇服而言，原是汪琬《丧服杂说》内的话，我抄袭旧文，并不检点，这就是我的罪了。”
或许孔继汾已明白自己无法避免这场灾祸了，因而，在一次审讯中，他颇为无奈地说：“我一家世受国恩，至优极渥，继汾具有人心，何敢稍萌悖逆之念？只因我曾经出仕，缘事革职，后在籍闲居，无可见长，妄意作一部书，希图宗族中说我是有学问的人，可借邀取名誉。我又糊涂不通，不知检点，以致措词种种纠缪。令蒙指驳诘讥，追悔无及，只求将我从重治罪，就是恩典。”这样，在大学士公阿等的“再四研鞫”下“孔继汾惟有俯首认罪，无可置辩”。四月十日，公阿等将处理意见上奏乾隆皇帝，内称：“孔继汾身系圣裔，曾登仕版，世受国恩，自宜明理安分。前以居乡多事，蒙皇上不加严谨，仅予摈弃。孔继汾尤宜愧悔改过，乃复因不能出仕，抑郁无聊，妄著《家仪》一书，异邀名誉，诚如圣谕：‘此等进退无据之徒，最可鄙恨。’且《会典》为奉行定制，典则昭然。孔继汾率以己意，援引舛缪，虽只为伊家所行仪节起见，尚非有心，违悖与增减制书者，较属有闻，但竟照增减制书律，量减一等。抚留不足以示惩儆，孔继汾应以重发往伊犁，充当苦差，以为在籍人员无知妄作者戒。除《家仪》版片，现经山东巡抚起外，所有此项书籍，亦应令一并查缴销毁。”
奏上，乾隆皇帝当即就作了“依议，钦此”的旨谕，孔继汾的命运在短短的几个月内就发生了改变。后来，由于其子孔广森的斡旋，孔继汾才没有充军伊犁。不久，孔继汾客死杭州。
孔继汾的弟弟孔继涑自幼酷爱书法，先后学习、临摹过清代书法家张照、宋代著名书法家苏东坡、黄庭坚、米芾、蔡襄等人的书法。为了集中精力学习书法，他特地在府内建造了一座两层小楼，取名“玉虹楼”，专门在上面勤学苦练，是一位著名的书法家，与梁中书一起，有“北梁南孔”之美誉。据说他曾经十二年没离过玉虹楼。其书楼艺书享誉四方。
乾隆十六年(1751年)，乾隆皇帝要驾临曲阜祭孔。消息传来，孔继涑异常兴奋，为了引起皇帝的注意，他特意把《四书》中《大学》的第一章写成长三尺半、宽二尺的四个条幅，雇人镌刻成四副石屏联，立于孔庙“金声门”左侧。这年秋天，乾隆皇帝如期来到曲阜祭孔。当这位非常喜欢书法，且有很高书法造诣的皇帝路过“金声门”时，立即被左侧那四副苍劲秀气、隽永洒脱的屏联吸引住了，连忙问是谁写的，并连连夸奖“写得好！写得好！”经皇帝金口玉言这样一称赞，孔继涑的名声被传播得更远了。
正当孔继涑春风得意之际，一场灾祸悄悄降临了。与他哥哥的遭难相比，孔继涑被开除出孔氏家族更为滑稽。
据说，有一天，皇宫里负责观测天象的官员报告说，天上紫微星突然发暗。紫微星代表皇帝，紫微星发暗，意味着皇帝将遭厄运。观测天象的官员又说，紫微星旁边出现了一颗特别明亮的星，迷信的说法这预示着它将取紫微星而代之。这颗明亮的星指的是谁？巫师们算来算去，说这颗星指山东某人，最后落到了孔继涑头上。于是，朝廷就派人去抄孔继涑的家。抄家时，发现孔继涑的房子是按八卦式建造的，九间正房的房脊还连在一起。不用说，这是犯禁的，因为只有皇宫和经过皇帝恩准的建筑才能有九进院落，才能九间正房连脊，孔继涑家盖这样的房未经皇帝允许，是欺君犯上。又据说，抄家的人还掘了孔继涑父母的坟，发现坟的左右各埋着一条大虫，像龙，但缺一爪。巫师们解释说，如待虫爪长齐，孔继涑就会篡位做真龙天子。此外，还传说孔庙大成殿前的柏树正枝不长，侧枝却非常茂盛，这又被附会说成是孔继涑想篡夺衍圣公爵位。于是，孔继涑就成了朝廷和家族的双重“罪人”，最终被开除家族，死后不允许葬在孔家专用的墓地孔林里。
虽然孔继涑被开除了“族籍”，但他仍然没有放弃苦心研究书法的浓厚兴趣。他把自己关在玉虹楼里，十年不下楼，将历年搜集到的古今名家的书法珍品，进行鉴别、临摹，并精工镌刻于石上，共刻成大小五百八十四块，名“玉虹楼法贴刻石”，因其拓片可装订成一百零一册，故又称“百一贴”。
“玉虹楼法贴”是我国书法艺术的珍品，汇集了晋、隋、唐、宋、元、明、清各代著名书法家的墨迹，书体有正楷、草书、行书、隶书、家书等，对研究我国的历史文化和书法都具有较高的价值。孔府更是把碑帖视为传家之宝，甚至当作女儿出嫁的陪嫁。1979年，玉虹楼碑帖拓片作为我国历史文化的瑰宝在北京隆重展出，受到了中外文化界的高度重视和赞赏。但创作这一瑰宝的孔继涑却直到病故北京也没有被解除罪名，其棺材也是用三道链锁着回曲阜，埋在野地里的。其后人也难以摆脱“罪犯之家”的名声，连红白喜事也不能像其他孔氏一样用喜乐，只能敲敲鼓，直到民国时期仍如此。
其实孔继汾遭难、孔继涑被开除出家族，不是偶然的，完全是孔子家族内部争权夺利的结果。
孔子六十八代孙、袭封衍圣公孔传铎于雍正十三年(1735年)去世，终年六十三岁。孔传铎长子孔继护已经在康熙五十八年(1719年)就去世了。早在雍正九年(1731年)，清世宗诏令监修孔林，孔传铎因正患病，便以沉疴难起为由上疏朝廷乞退，请以孔继护之子孔广蓕袭封衍圣公。时年孔广蓕十八岁。其时，孔继汾、孔继涑作为孔广蓕的叔叔分别只有六岁、五岁。但由于孔传铎的健在，孔广蓕每天都要到十二府(孔传铎的住所)中去请安问事，孔府的日常事务事实上由孔传铎在主持。孔传铎去世，孔广蓕仍然要每天去向两位叔叔请安。孔广蓕做了十二年衍圣公，于乾隆八年(1743年)去世，清政府又以孔广蓕的儿子，年仅八岁的孔昭焕袭封衍圣公。孔昭焕像他的父亲一样，仍然每天都要到十二府请安，孔继汾、孔继涑兄弟事实上以叔祖的身份掌管着孔氏家族和孔府的大权。
孔继汾、孔继涑兄弟掌管孔氏家族和孔府的大权，最不能忍受的自然就是衍圣公了。传说衍圣公孔昭焕的儿子、衍圣公孔宪培娶的是乾隆皇帝的女儿，公主的地位在孔府高于一切，难以忍受孔府大权的旁落，就经常在皇帝面前数说孔继汾兄弟的坏话，孔继汾兄弟也就难逃厄运了。
在孔继汾兄弟遭受厄运之后，孔府内部还发生过因婆媳不和而起的诉讼案。诉讼的双方分别是孔昭焕的继室程氏和他们的儿媳孔宪培妻子于氏。
程氏，名珠，浙江海宁人，吏部右侍郎程严长女。于氏，金坛人，文华殿太学士兼户部尚书于敏中第三女，孔昭焕子孔宪培妻，亦即传说中的乾隆皇帝女儿。孔昭焕去世后，婆媳俩争夺权利。嘉庆四年(1799年)，婆婆程氏向朝廷控告儿媳于氏等，引起了一场孔子家族史上的婆媳诉讼案。
于氏结婚不久，于敏中全家也随女儿定居曲阜。乾隆四十五年(1780年)，于敏中去世，家族内发生争夺财产的纠纷，于氏也从她母亲处分得一万两白银，于氏就用这笔钱在山东购买了十六顷八十五官亩民居。事隔不久，于氏族内争夺于敏中财产的事被朝廷发觉，以为姻亲乘机瓜分于敏中的财产是非法的，下令追究责任，于氏不得不将所分得银两悉数交出。为此事，于氏的公公衍圣公孔照焕不得不向皇帝认错。
程氏向朝廷控告儿媳于氏是因为于氏等专擅府务。衍圣公孔宪培于乾隆五十八年(1793年)病卒，因无子嗣，由他们抱养的孔宪培的弟弟孔宪增之子孔庆容袭爵。孔庆容年幼，不能视事，于氏就代为保管府印，重用其娘家侄儿于锡嘉及已被革职的原孔府百户赵泉管理府务。于氏的行为，引起了老衍圣公继室程氏的不满，她革斥了于锡嘉等，收回了府印，令其次子孔宪增代理府务。于锡嘉见府印被程氏收回，自己不能再管事了，就唆使于氏回娘家，于氏因此回娘家住了一年，直到嘉庆三年(1798年)，才回到曲阜。由于对程氏收府印不满，于氏回到曲阜后，也没有去向程氏请安，反而听任于锡嘉及已革职的孔府家奴韩王奎、韩辰、刘大信等人挑唆，派人到省城巡抚衙门控告程氏与之争夺印信。山东巡抚伊江阿批准了于氏的讼状，命令程氏将孔府印信交给于氏保管。这样于氏重又获得了府印，于锡嘉等人因此更加气焰嚣张，不可一世。他们利用手中的权利，盗卖农田，假蚀祀银，还擅自动用公文将已革职的百户赵泉咨部开复，强令孔庆容将侵蚀孔府祀银的家奴杨大祥咨送刑部等。于锡嘉等人专擅孔氏家务，干预孔氏之事，引起了程氏及族人的强烈不满。
嘉庆四年(1799年)四月三日，程氏投诉朝廷，控告于氏及于锡嘉等人。朝廷接报十分重视，当即派员调查，经兵部侍郎兼都察院右副都御史、山东巡抚等联合查证，证明程氏所控属实，为确保孔氏承恩祀产不被外人侵剥，鉴于孔庆容年幼，不能管理一切家务及家人佃户，清政府决定仍由孔宪培暂行代办，等孔庆容年满二十岁时，再令其自行掌管。于锡嘉等人交由有关衙门法办，于氏则交由程氏约束，“毋经外出滋事”(《孔府档案》1306)。
于氏一生只生过一个女儿，但很小就死掉了。她的丈夫孔宪培也在三十八岁上早逝，后来又受到责罚，这一切都不能不使她的心灵受到影响，她留下一首《春暮感怀》诗：“满城荒草绿城茵，节序相催倍伤神。柳絮万飞三月雨，梨花忽谢一枝春。流莺惊梦恒窗唤，乳燕窥人入幕频。使倚阑干伤往事，幽怀无限自沾巾。”
大约在道光五年(1825年)，于氏临终之前给衍圣公嘱咐了朝廷公事，丧葬事宜等后，又对其陪嫁的私人田产作了交割：“所有我养赡各庄，进粮食共入约有千金，滋阳厂一年约有五百金，沌河屯约有京钱五百千，将此两处并东园共给媳妇毕氏。吴寺、泉头、石井三处，是汝外祖与我治的私产三处，一年不过有京钱四五百千，三处着给孙媳方氏掌管，以作房内使用。外面仍着繁浩派分人照料管理，薛家村之地，倘宽裕能赎出，归司房。城西大庄每年所交粮食按季全数运归后，作添补日用，所收租银，约有四五百千，此项尔可归东院二婶婶，以作养瞻。”于氏去世后，清政府给了她很高规格的哀典，道光皇帝特派官员致祭，并特命建立一座“鸾音褒德”牌坊于墓前。孔氏后人也在孔府东院建了一座“慕恩堂”，专门供奉于氏和孔宪培的影像。 |
