北宋靖康元年(1126年)，北方女真贵族建立的金政权兵分两路，南下合围宋都城汴京(今河南省开封市)，并于第二年春虏走宋徽、钦二帝，攻灭北宋。同年五月，徽宗第九子康王赵构在旧臣的拥戴下，于南京(今河南商丘)即位，是为宋高宗，改号建炎。北宋灭亡，南宋开始。
建炎二年(1128年)秋，高宗移行宫于扬州，十一月，高宗在扬州举行郊祀(祭天)大礼，诏袭封衍圣公孔端友[字子交，孔子第四十八代孙，宋徽宗崇宁三年(1104年)被授为朝奉郎，直秘书阁，袭封衍圣公。宣和三年(1121年)，转通直郎，除直秘阁，赐非章服，仍许就任关升。]等南下陪祀，孔端友奉命与从父孔传(原名孔若古)及部分族人奉端木子贡手摹孔子及亓官夫人楷木雕像南下。这期间，金兵又分兵三路向山东、河南、陕西等地进犯。次年春，高宗君臣仓皇南逃，驻跸临安(今属浙江)。孔端友等亦随驾南渡。其后，金兵虽北撤，但曲阜一带仍为金人占领，孔端友等有家不能回，遂上书高宗皇帝，叙述家门旧典及离祖丧家之苦，请求赐家安居。高宗赵构感念其奉驾南渡之情，特赐孔端友及南渡孔氏族人家居衢州，并令在衢州兴建庙宇，供奉孔子及亓官氏楷木雕像，一切礼仪如旧，孔端友仍袭封衍圣公，主持孔庙祀事。而差不多在同时，在金人占领的曲阜，金太宗则封孔端友之弟孔端操为衍圣公，主持曲阜孔庙祀事。这样，孔氏宗室就分裂为南北两宗，衢州的这一支世称南宗，曲阜的一支称为北宗。孔端友成为孔氏南宗的始祖。
自孔端友南渡，形成孔氏南宗之后，南宗以衢州为中心，在南宋政府支持下，不断发展壮大。继孔端友之后，南宋政府又相继封了五位衍圣公。他们是：
孔，字锡老，孔子第四十九代孙，孔端操子。建炎二年，孔端友等南下扬州时，孔也在其列。后又随孔端友定居衢州，不曾北归。孔端友去世以后，因无子嗣，便由孔袭封衍圣公，主持孔庙祀事，其时为绍兴二年(1132年)。这期间，宋高宗赵构曾诏令衢州官府从官田中拨给衍圣公祀田五顷，以供奉祀孔子的开销。孔大约在绍兴二十四年(1154年)去世。
孔，字季绅，孔子。绍兴二十四年，其父去世后，孔被补授为右承奉郎，袭封衍圣公，主持孔庙祭祀。
孔文远，字绍光，孔子。南宋光宗绍熙四年(1193年)，授承奉郎，袭封衍圣公。
孔万春，字耆老，孔文远子。南宋理宗宝庆二年(1226年)袭封衍圣公。
孔洙，字景清，孔万春子。宋理宗绍定四年(1231年)袭封衍圣公，并兼任吉州(今江西吉安)通判。元至元十九年(1282年)让爵于北宗。
除了封上述几位衍圣公外，南宋政府还重用了南宗中的许多族人，孔传官至中散大夫，孔端植官至湖广通城令，孔端弼官大理寺评事，孔端思官杭州府教授。
在其他方面，绍兴六年(1136年)，宋高宗诏令以衢州州学为孔氏南宗家庙，颁赐铜印，并以南宋人口计量赐田，蠲免租税，赐田所得用于孔庙祭祀。绍兴八年(1138年)，又赐田五顷，以供奉祀。宋理宗宝元年(1254年)，南宋政府又拨银三十六万缗，令仿曲阜家庙之制，在衢州建孔氏南宗家庙。这时，孔氏南宗达到全盛时期。此后，随着南宋王朝的灭亡和元朝的统一，南宗最后一位衍圣公孔洙于至元十九年(1282年)让爵于北宗，孔氏南宗失去了衍圣公，开始走向衰败。在此后的二百余年中，南宗政治上、经济上都大不如以前，家庙破旧了，无力整修，祭田免税特权被废，族人中入仕做官的很少，少数的几位也只是做书院山长、儒学提举之类的学官。
孔氏南宗在经历了二百余年的衰落之后，明弘治十八年(1505年)，由于衢州知府沈杰的奏请，南宗重新复爵，明正德元年(1506年)，明武宗正式授于南宗孔彦绳翰林院五经博士，子孙世袭，享受减免祭田赋税的优遇，中断了二百五十年之久的孔氏南宗重新恢复袭爵，但其爵位低于北宗衍圣公，只相当于衍圣公次子。自此以后，南宗历代世袭翰林院五经博士，直至1936年，达四百余年。在其他方面，南宗也陆续享受了一些封建国家的“优渥”。如，明正德十五年(1520年)，南宗袭封翰林院五经博士孔承美奏请修复焚于兵火的家庙，明武宗拨下巨银重建衢州家庙。清顺治九年(1652年)，第六十五代孙孔衍桢袭封翰林院五经博士时，清政府特赐南京五经博士舆导由皂盖易为黄盖。康熙二十一年(1682年)、雍正八年(1730年)、乾隆四十三年(1778年)，清政府都曾拨款修庙。道光元年(1821年)，衢州知府周端倡议集资修庙，费时三年，将家庙修葺一新，并特意在庙内建思鲁阁，以表达对孔氏先祖的思念之情等等。当然，其享受“优渥”的规格和程度，都无法与北宗相比。
1911年，辛亥革命推翻了满清政府，宣告了中国封建社会的结束，但袁世凯政府对孔子后裔的封爵仍未废除，北宗孔氏嫡长孙仍然袭封衍圣公，南宗孔氏嫡长孙也照旧袭封翰林院五经博士。1936年，国民党政府废除封建封爵，改任北宗衍圣公为奉祀官，南宗翰林院五经博士被改为南宗奉祀官，享受简任二级待遇，月俸银元430元。1939年，日军进攻浙西，南宗奉祀官孔繁豪奉命恭护孔子及亓官夫人楷木雕像移往浙南山区，以避日军。其间，日军两次攻陷衢州城，衢州孔氏家庙遭到严重破坏，庙宇被焚，碑匾被砸，祭器等也都被毁坏。抗战胜利后，国民党政府于1946年，拨款重新修复衢州家庙。1947年元旦，孔子第七十五代孙孔祥楷奉令继任“大成至圣先师南宗奉祀官”。
1949年，中华人民共和国成立后，衢州孔氏南宗家庙和北宗曲阜家庙一样受到人民政府的保护，成为珍贵的历史文物。
在孔端友随宋高宗南下的同时，曲阜落入金人之手。当时金人立刘豫建立伪齐政权，治理江淮以北地区。刘齐政权为了替自己涂脂抹粉，便于阜昌二年(1131年)封孔端友之弟孔端操为权袭封衍圣公，临时主持曲阜孔庙的祭祀事宜。第二年，孔端操死，孔端操子孔袭封衍圣公。孔，字元老，伪齐刘豫时封为迪功郎。但不久，刘豫被废，孔因之失爵。
但衍圣公的地位很快又得到了金政府的承认。金熙宗尊孔崇儒，天眷三年(1140年)，“诏求孔子后”，孔又一次袭封衍圣公，并被封为承奉郎。这样，南宋和金，就各有一个衍圣公，曲阜的衍圣公习惯被称为孔氏北宗。
与南宗比起来，孔氏北宗要复杂得多。
金熙宗皇统二年(1142年)，孔去世，子孔拯袭位。金世宗大定元年(1161年)，孔拯去世，无子，以其弟孔詌袭爵。孔詌死，子孔元措袭爵。
金卫绍王大安三年(1211年)，蒙古大军大举攻金，金军屡败。金宣宗贞二年(1214年)正月，曲阜曾一度被蒙古军占领。蒙古军退后，金宣宗便迁都汴京(今河南开封)。当时，山东地区农民起义军蓬勃发展，金宣宗处于对孔元措安全的考虑，于贞三年召孔元措为太常博士，进京任职，直到金王朝的灭亡，将近二十年。
当孔元措在汴京任职时，其堂弟孔元用在曲阜摄事，主持孔庙祭祀事宜。这时的山东成为金、宋、蒙古三个政权角逐之地。山东农民军领袖李全等一度归附南宋，曲阜也成为南宋政权管辖的地区。宋宁宗嘉定十七年(1224年)，南宋政权为争取北宗为己所用，下诏补先圣裔孔元用为通直郎。但不久，蒙古军占领山东，孔元用率孔族暨庶姓投降。蒙古大帅“承制封拜孔元用为衍圣公，世袭曲阜县令”。后来，孔元用随蒙古军出征，战死在战场上，其子孔之全袭爵。就是说，这时候，南宋、金、蒙古各有自己的衍圣公，孔子家族呈现出三个衍圣公并立的局面。
但接下来的改朝换代改变了这种局面，也给孔子家族内部的衍圣公爵位之争埋下了伏笔。
金哀宗天兴元年(1232年)正月，蒙古大军包围了金都汴京，金政权处于风雨飘摇之中。这时，蒙古大汗窝阔台采纳契丹人耶律楚材的建议，派使者到汴京城中“谕降”；同时，指名索取孔元措等二十七家。孔元措出城后，即被命回曲阜“奉祀”，第二年(1233年)六月，又被命“袭封衍圣公”。这样一来，孔元措与孔元用两个衍圣公就发生了冲突。孔元用、孔之全父子在当地经营多年，已形成很强的势力，并曾受蒙古大帅封爵。孔元措离乡已久，虽然有蒙古大汗圣旨，仍不足以使孔之全屈服。两者争执不下，只好求救于山东军阀严实，由严实裁决。裁决的结果是双方各让一步，孔元措袭封衍圣公，孔元用世袭曲阜县令。之后，孔元措在蒙古政权的庇护下，袭封衍圣公，孔之全、孔治父子虽心有不满，却也无可奈何。孔浈的袭爵终于给孔之全父子提供了一个机会，但这一矛盾并没有因此而彻底解决，直接导致了衍圣公孔浈被夺爵事件。
孔浈，字昭度，是孔子第五十三代孙。父孔之固，早逝。祖孔元绂，袭封衍圣公孔元措之弟，为人忠厚老实，沉默少语，不喜欢议论别人的是非，历官金朝的安远大将军、武昌节度判官。
孔浈非孔之固正妻所生。孔之固正妻任氏，无子嗣，遂另娶一农家女做偏房，生下孔浈。孔浈生下不久，孔之固去世。或许是出于嫉妒，任氏在孔之固去世之后，将孔浈生母赶出家门，许配一李姓奴隶(驱口)，孔浈因此一度随母姓李，“名在驱口籍”。这事后来被袭封衍圣公孔元措知道了，就把孔浈接了回来，自己抚养。蒙古蒙哥汗元年(1251年)，孔元措因病去世。孔元措因无子嗣，便奏明朝廷，以孔浈袭封衍圣公。
孔浈袭封衍圣公，引起孔之全、孔治的不满。他们联合部分族人状告孔浈“喜较猎，日事鹰犬，不修祖祀”，“不事儒雅”，同时还指责孔浈“非孔氏子”，请求夺其爵。孔之全等人的举动吓慌了孔之固正妻任氏，因为一旦孔浈被夺爵，她将失去衍圣公母所享受到的地位和权利。因此，任氏连忙上书，列举事实，叙述原委，再三申明孔浈确系孔家子，力保孔浈之爵。这场纠纷越闹越大，引起“家族共议，词讼无休”(《阙里广志》卷十五：《任氏辨孔浈表》)，最后闹到了以皇弟身份管理“漠南汉地军国庶事”的忽必烈那里。最终以孔浈被夺爵告终。但孔之全、孔治父子亦未袭爵，仍分别做他们的曲阜县令和曲阜管民官。
孔浈被夺爵，只使孔之全父子的目的达到了一半，孔之全父子梦寐以求的衍圣公爵位并没有落到他们的头上。由于孔子家族内部斗争引起了朝廷的反感，也由于忽必烈对儒生并不很重视，孔之全、孔治父子仍各司其原职。孔之全去世后，孔治以父死子继，承袭曲阜县令，兼主孔庙祀事。直到忽必烈去世，元成宗即位后，孔治才被召入朝，袭封衍圣公。孔氏世爵中断了四十多年，但孔元措一系与孔之全一系的矛盾并未从此终结。孔治去世后，以其子孔思诚袭爵，遭到了孔氏族人的反对，他们以孔思诚是孔元用之后，不属嫡系为由，上书朝廷，请求罢免孔思诚。元仁宗在查过孔氏族谱后，以为孔宗愿之后孔思晦是孔子嫡裔，当袭封，遂罢免了孔思诚，以孔思晦袭爵(《元史》卷一百八十：《孔思晦传》)，这意味着孔之全、孔治一系在家族矛盾中的失败。至此，从孔元措时引发的围绕衍圣公爵位继承的孔氏家族矛盾才告结束。 |
