中央和地方的关系如何处理，也是重大问题。对此，丞相王绾主张分封，在各封国设国王。秦始皇把丞相的建议交给群臣讨论，群臣都表示赞同。惟新任廷尉的李斯独执己见，力排众议，他说：“周文王和周武王曾分封许多同姓子弟，然而后代关系疏远，相互攻击，如同仇人，诸侯之间也互相杀伐，周天子不能禁止。现在赖陛下神威，海内一统，全部设置郡县，对诸子和功臣则用国家的赋税给予重大赏赐，很容易进行控制。使天下没有二心，就是安定的方针，分封侯王是不成的。”秦始皇认为李斯的意见正确，于是废分封、置郡县，把天下分为３６郡，并在全国范围内建立了一套有利于中央集权和皇帝专制的行政机构。
朝廷以皇帝为首，下设三公九卿。三公是左右丞相、太尉和御史大夫。丞相是中央行政机构的最高长官，协助皇帝处理全国政务，国家大事一般由丞相总领百官进行集议和上奏。太尉是中央行政机构的军事长官，协助皇帝掌管军事，但平时没有兵权，只有接到皇帝命令和符节时才能调动或指挥军队。御史大夫发布政令转交丞相颁布，御史大夫协助丞相治事，并有监察文武百官的职权。三公之下设有九卿，即奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史和少府，负责掌管各方面的具体政务。奉常是礼教官，掌管宗庙礼仪。郎中令是传达、警上官，掌管皇帝的传达和安全警卫。卫尉是皇宫卫队长，掌管皇宫守卫。太仆是皇帝的仆从长官，掌管皇帝的车马。廷尉是最高司法官，掌管刑法和审理重大案件。典客是外交官，掌管外交和国内少数民族事务。宗正是维护皇室利益的官职，掌管皇室族事务。治粟内史是最高财政官，掌管全国租税收入和财政开支。少府是皇帝的私人财务官，掌管山海湖泊税账、宫廷手工业和皇室私财。
地方以郡、县为基本行政单位，下分乡、亭里、什伍。郡设郡守，作为一郡最高行政长官，直接受朝廷管辖。郡守之下有郡尉辅佐郡守，并兼管郡中军务，又有监御史，负责监察。郡内分为若干县，万户以上设县令，不满万户设县长，主管全县政务，受郡守管辖。县令、长下有县尉管县中军务，有县丞助理令长并兼和司法。县内分为若干乡，乡有啬夫主管乡务，三老主管教化，激徼主管治安。交通要道往往设亭，负责邮传和追捕盗贼。里是民间居住区，有里长正。居民的基层组织是什和伍。１０家为什，有什长；５家为伍，有伍长。什伍互相监督，有罪连坐。
秦始皇设置的这套行政制度，起到了层层控制、权力向上集中的作用。从朝廷到地方，从郡县到乡里，构成了一张宠大的统治网。使分散的地方权力逐渐向上集中，最后集中到朝廷，再通过朝廷集中于皇帝手中。这套行政制度，对国家统一、中央集权和君主专制都起了重大作用。 |
