随着文学协会的日益强大，学生们继续涌入各种越来越排外的团体。1780年，美国大学优等生荣誉学会的康涅狄格州阿尔法分会在耶鲁秘密地成立了。该协会有定期的活动安排，起初只有成员才知道这些安排。1797年，一些学生成立了道德协会，这是个秘密协会，存在的时间不长，强调重教的重要性。1812年，一些学生创办了音乐协会，后来被称作贝多芬协会。19世纪20年代和30年代早期出现了菲尔兰拉莱恩协会，该协会主张人们应该克制饮酒量，最终完全戒酒。甚至在教师中也出现了社团热：1819年，西奥多德怀特伍尔西创办了六面体俱乐部。在该俱乐部举办的聚会活动上，协会成员要朗诵诗歌。1821年，一些学生对一位同学的衣柜感到震惊——“全套轻便、可更换的丝绸服装”——于是他们成立了莱克格斯（与斯巴达法典制订者同名，意寓纪律严格、生活朴素——译者注）协会，反对在生活、服饰和礼仪上过于奢侈和浪费。同年，著名的教授詹姆斯金斯利创办了曲达塞塔协会，目的是促进人们对于文学的兴趣。只有四年级最优秀的作者才能被选为会员。曲达塞塔每隔一个星期的星期二晚上聚会，内容是朗读和讨论文章，地点通常设在金斯利的家中。1831届的19位成员创办了菲尔高莱恩协会，也叫菲阿尔法。菲阿尔法协会存在了两年时间，每周在奥林奇大街的一个屋子聚会，目的是增进会员的即席演讲能力。菲阿尔法一直保持着神秘色彩。所有的会员都必须背诵以下的誓言：“在见证人面前，你和你们中的每一个人以自己的名誉发誓，你们将永不直接或间接地背叛、公开、揭露协会的人和规章、仪式和交易。”
到了19世纪30年代，文学社团开始渐趋式微。利诺尼亚和兄弟联盟都在1872年解散，当时它们的图书馆被移交给大学图书馆，直到今天，大学图书馆一个很受学生欢迎、舒适的阅览室中还保存着标有“L&B”（即利诺尼亚和兄弟联盟的首字母缩略——译者注）的藏书。文学社团逐渐失去了学生的欢迎，尽管这是由于学生们已经有如此多的新机会可以加入其他组织，从而给自己一种归属感，但不可否认的是导致文学社团消亡的直接原因是一种更隐秘、更排他的耶鲁组织使它们黯然失色：那就是班级秘密协会。
骷髅协会就是第一支此类协会。该协会成立于1832年，只招收4年级学生。协会由15名经秘密选举产生的会员组成。会员定期聚会——很快该协会就激起了学院的好奇。到了1840年，每个班至少都有一个协会。到19世纪后期，学院主要由三个著名的秘密高年级协会控制着，即骷髅协会、卷轴和钥匙协会以及狼首协会。这些协会努力强调年级差异是耶鲁经历最重要的组成部分，尽管当时“修理”制度已经开始衰落。但这些协会积极地控制会员身份，排除许多申请者，从而进一步缩小了差异，而这是那些大协会所未曾尝试过的。突然间，对于耶鲁的大学生来说，赢得辩论赛的冠军、在运动场上获胜或以优异成绩毕业已经不够了。这些协会很快就成了在耶鲁攀上成功顶峰的象征，大学生都希望加入。
很快，教师们就开始觉得自己也希望加入此类协会。在骷髅协会成立六年后，六位有名望的纽黑文当地居民，包括乔赛亚威拉德吉布和西奥多德怀特伍尔西成立了一个名为“俱乐部”的组织，这是一个为耶鲁教师中的精英分子所成立的社团，起初的目标会员也包括纽黑文知识阶层中的上层人物。一些外面的人称其为“老男人俱乐部”。这个俱乐部给大学的社交和知识精英们提供了25个终生的会员资格（会员的家属通常把该组织称为“老绅士俱乐部”）。最终成员中加入了包括威廉霍华德塔夫脱（1909至1913年美国总统——译者注）、后来担任康涅狄格州首席大法官的西梅翁鲍德温、学者托马斯贝尔然、神经外科大夫哈维库什和骷髅协会的创始人威廉鲁塞尔。
聚会每两周举行一次，内容包括晚宴——通常是扇贝牡蛎、冷舌、饼干、发酵饼、茶和咖啡——以及开发智力的讨论，主题包括1856年的“知识分子应该如何对待奴隶制”和1947年的“正前额脑白质切除术”。主持聚会的会员通常在家里举行讨论活动，他会按照人们的座位顺序请他们依次就给定的主题发表自己的观点。
“俱乐部”对学院具有极大的影响力。这主要是因为，至少在1963年之前，该组织三分之二的成员是或者曾经担任过学校管理人员。实际上，在一些场合，这个排外型组织的成员具体讨论的就是耶鲁大学的问题，他们在没有其他教师和校方管理人员的情况下得出结论并且操纵着该方案的实施结果。“‘俱乐部’从来没有打算对外部采取行动或施加影响，而只不过是提供愉快的社交机会和知识接触的条件。”“俱乐部”的历史学家试图为该组织编写一本书。“但是情况的本质是当其成员在晚餐前后随意聊天时，他们以这种非正式的方式做出了一些和社团无关但肯定和大学有关的决定。”此外，据会上还会对一些争议性不那么强的问题进行严肃讨论，比如“马蹄从三趾形到单趾形的发展”。
当时间进入20世纪，尽管耶鲁也会经历许多变革，然而其核心和气氛几乎是不会随着时间而改变的。1951年，《时代》杂志在耶鲁250周年庆典上这样写道，
有意无意的，耶鲁的传统是等其他人领头，观察他们的行动，然后从中选择自己的道路。这样一来，如果说其进展速度不快，这也是经过了挑选，一般来说可靠的方案。如果其增加了一些新领域，它至少也曾牢固坚守过那些古老和可靠的原则。有一个词叫“保守主义的胜利”，从建校的最早年开始，耶鲁可以说一直名符其实地坚守着这个信条。
更早些时候，1885年，《国家》杂志注意到了这种保守主义的趋势，它这样写道：耶鲁
相当牢固地坚守着成立之初的原则。耶鲁仍然是一所主要由一个州同一教派的一些牧师管理着的学府。那些信奉旧理论的人坚持认为担任耶鲁校长的首要条件是他必须是“正统”教会的神职人员。保守的群体在选举新校长时可以保留自己的观念，但是他们只不过是在推迟不可避免的潮流趋势。一所伟大的现代学府不可能永远按照殖民地时期的神学院模式来运行。
注：“俱乐部”今天依然存在。“星期六上午俱乐部”也存在，后者是125年前为教师的女儿们所创建的一个组织。现在该组织全部由女性会员组成、会员数量限定为大约20人，主要是活跃的教授和教师的配偶。“星期六上午俱乐部”每年大约聚会八次，会上举办演讲和展示活动。 |
