黑 暗 的 时 期
基督教世界以说教战胜武力，以中央控制地方的辉煌，都因为十字军的失败和宗教裁判所的恐怖而变得黯淡无光。
1098年，教皇乌尔班二世（UrbanII）召集了十字军，整个欧洲都被浪漫的宗教理想武装起来，准备到近东驱逐伊斯兰教，建立基督教的商贸和信仰。但十字军的征伐并没有获得成功。近东地区依然掌握在穆斯林手中，摩尔人（Moor） 的财富、科学、艺术和学术也在战败的十字军中唤起了一种怀疑主义。这种怀疑主义很快使基督教的正统教义受到上百种异教思想的挑战。
像其他统治者一样，教皇英诺森三世也把异教信仰视作一种背叛，一种对整体的秩序与和平的破坏。当时一种从巴尔干半岛传入法国的新信仰引起了他的警惕。这种新信仰在蒙彼利埃（Montpellier）、纳巴达（Narbonne）、马赛（Marseille）、图卢兹（Toulouse）、奥尔良（Orleans）——甚至在北苏瓦松（Soissons）和兰斯（Reims）都建立了信众团体。这一信仰被称为阿尔比异端（Albigensians），它宣扬将世界分为两部份，一部分属于上帝，代表精神和善良；另一部分属于撒旦，代表物质和邪恶。他们认为人的肉体是被撒旦控制的，性关系也是不纯洁的行为。他们接受了基督的“登山宝训”(Sermon on the Mount) ，将其作为自己的伦理规范。还谴责任何战争和武力行为，包括对的异端的武力镇压。他们也反对地狱和炼狱，并宣称所有的人都能得到救赎。
阿尔比教派不承认教会是基督的教会；还指出圣彼得从来没有到过罗马，也从来没有建立教皇制。所有的教皇都不过是世俗皇帝的继承者，而没有承接过基督使徒的衣钵。他们说，基督生活清贫，甚至没有睡觉的地方，而这些教皇们却个个居住在宫殿中。那些养尊处优的大主教和主教，那些世俗的教士和肥胖的僧侣，都是伪善的法赛利人（Pharisees）；罗马教会是巴比伦的娼妓（Whore of Babylon）；而教皇是典型的反基督者。
在一段时期，人们宽容的接受了阿尔比教派的存在，把他们视作以夸张行为反驳自身的极端主义者。1167年，阿尔比教派召集教派中的教士召开会议。来自不同国家的代表参加了会议，他们讨论并制定了教义、戒律、和行政规章，在没有受到任何干扰的情况下又将会议延期。
另外，当时一些贵族很希望削弱克朗多克（Languedoc）地区教会的势力。该教会非常富有，而贵族们则显得捉襟见肘。于是一些人开始谋划掠夺教会的财产
英诺森三世于1198年担任教皇，他感到异教思想的发展必然会对国家和教会造成威胁。他知道到对教会的一些指责并非虚妄无据，但是他也明白，他领导的这个伟大组织是对抗暴力、社会混乱和皇室不公的主要堡垒。现在教会的根基遭到攻击，物质财富被掠夺，还受到滑稽不敬的嘲弄，他决不可能无动于衷 。怎样才能在禁止婚嫁、劝导自杀的基础上，保持社会秩序的长期稳定？没有婚姻制度，能否在混乱的社会中保持稳定的两性关系并抚育后代？如果阿尔比教派的异教信仰在基督教世界的中心迅速扩张，十字军远征巴基斯坦异教徒的行为还有什么意义呢？
在英诺森就任教皇两个月后，他谕令加斯科尼（Gascony）地区的奥克（Auch）大主教：
“圣彼得的小船遭到很多次暴风雨的袭击，在海上颠簸不已。但是最令人感到伤心的是，……我们面临着前所未有的混乱和破坏，那些异端传教士诱惑着民众单纯的灵魂。他们用迷信和错误的虚构，对《圣经》肆意曲解，企图破坏天主教教会的统一。由于这些异端邪说在加斯科尼及其附近地区广泛流传，我希望你和手下的主教们能够全力抵制……我严令你，用一切可能的手段，禁止这些异教学说，并将异教信徒驱逐出你得辖区。……必要时，你可以呼吁贵族和民众用武力加以镇压。”
这道谕令受到保守统治者和很多神职人员的欢迎。图卢兹的雷蒙（Raymond）六世同意对异教徒加以说服，但是拒绝参与对异教徒的武力讨伐。英诺森威胁要将他逐出教会，雷蒙被迫应允。但等教皇赦免他后，他又再度反悔。“我们能怎么做呢？”一位受命于教皇的特使，参与驱逐阿尔比异教徒的骑士说，“我们曾和他们一起生活，和他们有或多或少的联系，而且他们的生活并无不当之处。
经过6年的等待，英诺森授予全权给西多会（Cistercian）修士的首领，西特奥克斯（Citeaux）的阿诺（Arnaud），让他在法国建立宗教裁判所，并对愿意加入新十字军的国王和贵族给予特赦。当感觉这一切还不够充分，英诺森又发布谕令，将雷蒙和其手下逐出教会，并将他们名下的土地转让给任何有能力占有的基督徒。他还召集全欧洲的忠实信徒组成十字军，以对抗阿尔比教派和他们的保护人。他还给所有参加十字军的人特赦之权，原谅他们过去的一切罪恶。当这支十字军接近贝济耶（Béziers）时，他们提出如果城中所有主教列出的异教徒自愿投降，就可以让这座城市免去战争的浩劫。但是城中领导拒绝了这一要求，宁愿拼死抗守。很快，十字军攀上城墙，占领了贝济耶，并不分青红皂白地杀戮了城中2万普通民众。包括男人、女人和小孩。
在这次战争中，十字军里表现得最英勇的是西蒙·德·孟福尔（Simon de Montfort）。和当时那个虚夸时代的很多人一样，他以自己的虔诚坚贞而闻名，并曾在巴基斯坦服役。西蒙有一支4500人的小军队，在教皇特使的催促下，他攻占了一个又一个的城镇。消灭了所有抵抗，所向披靡。他允许民众在宣誓效忠罗马天主教和为异教信仰殉道之间作出选择。上千人宣誓了宣誓效忠，也有几百人选择了殉道。在四年之中，西蒙继续了他的征伐，几乎占领了雷蒙六世的所有土地，除图卢兹之外。1215年，图卢兹也向雷蒙投降。蒙彼利埃（Montpellier）的教士会议罢黜了雷蒙六世，而西蒙成功取得了他的头衔和大部分的土地。正统教会取得了胜利，也不再对异教信仰保持宽容。而宗教裁判所将自己的力量扩张到全欧洲。
宗教裁判所可以很容易的引用《圣经》的权威经文处罚异教徒——例如，在《申命记》13：1－9；《出埃及记》22：18；和《约翰福音》15：6中都有类似的记载。几乎每一位基督徒都相信教会是上帝之子所创立，基于这种假设，任何对天主教信仰的攻击都是对上帝本人的冒犯。顽固的异教徒们都被当成是魔鬼撒旦的爪牙，被差遣来破坏基督的工作。任何容忍异端的个人或政府都无疑是在为魔鬼撒旦服务。教会认为自己是欧洲各政府的道德、政治活动中不可或缺的一部分。在教会看来，信仰异教就等于叛国，是对社会秩序根基的严重破坏。教会最苛严的教律是弗雷德里克二世（Frederick II）在1220年—1239年间施行的。被教会谴责的异教徒被移送到“世俗武装”——地方权威机构——施以火刑。如果这些人放弃异教，也要被终生监禁。异教徒的所有财产都被没收，他们的后代也被剥夺了继承权。他们的儿女不能享受高官厚禄，除非他们公开抨击其他异教徒，为其父母赎罪。异教徒们的房屋被摧毁，并不准重建。德高望重的路易九世国王（King Louis IX）在法国也颁布了类似的法律。1231年，格里戈里九世（Gregory IX）也采用了弗雷德里克二世在1224年颁布的教会法令。于是，教会和国家达成共识：认为异教徒是叛逆之人，应被处以极刑。
在他们看来，法律和道德可以阻止人们转向无政府状态。而教会和国家在打击异教方面结成同盟，可以削弱法律和道德的复杂结构。几乎所有受到挑战的政府都向宗教裁判所求助，那些被认为对国家造成危险的观点和行为都受到了惩罚。
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