赫鲁晓夫付出的代价相对较轻，与他的惯常做法一样，斯大林对赫鲁晓夫的惩罚是慢慢的、痛苦的。在解除了巴格拉米扬和铁木辛哥的职务后，他解散了西南战区，并将赫鲁晓夫召回莫斯科。“我的情绪十分低落，”赫鲁晓夫后来指出：“我们损失了数以十万计的士兵。更为严重的是，我们失去了我们一直赖以生存的希望。……更糟糕的是，好像我本人必须为整个事情负责。”因为斯大林“为了逃避承担错误的责任，他是什么事都能做得出来的。当我乘飞机回莫斯科时，我……只好听天由命。我准备面临一切可能的后果，包括被捕”。
在开始的几天里，斯大林好像是在玩猫捉老鼠的游戏似的玩弄着他设想的受害者。德国人已经宣布他们俘虏了20多万人，他们是在说谎吗？“不，斯大林同志。”赫鲁晓夫回答道。斯大林继续说道，在第一次世界大战时期，当俄国军队在东普鲁士陷入德军包围后，指挥部队的将军被处以绞刑。“这件事我记得很清楚，斯大林同志。”赫鲁晓夫回答说。
赫鲁晓夫强作欢颜忍受着在莫斯科难挨的时刻(他和斯大林在此期间一共吃过好几次饭)。斯大林用如何防御顿巴斯这样的现实问题来掩盖他实际的威胁。赫鲁晓夫呆的时间越长，“在等待处理的过程中，我就越感到厌倦与痛苦。我很怀疑斯大林能否原谅此次失败。他肯定还需要找到一个替罪羊。这是他显示铁面无私的一个很好机会。……我完全懂得斯大林会如何策划他的报复计划。他是这类事情的能手。”
使赫鲁晓夫感到巨大解脱的是，他被允许回到前线。但是他的宽恕也许是个圈套；赫鲁晓夫知道“有很多次，斯大林让一些人带着宽慰的消息离开他的办公室，然后在某一个他们意想不到的地方突然将他们逮捕。但是在我离开他办公室的当晚什么事情也没有发生，第二天早晨，我就飞回了前线”。
斯大林的怒气并没有消散。那年夏天的晚些时候，当着几位指挥官的面，斯大林划着了一根火柴，点燃了他那著名的烟斗，然后在赫鲁晓夫光秃的头顶上敲打烟斗，落得赫鲁晓夫一脑袋的烟灰。“这和罗马人的传统是一致的。”斯大林看着在座的人的吃惊表情解释说：“如果一个罗马指挥官在战斗中失利，他就会生起一堆篝火，坐在篝火的前面，将火灰撒在自己的头上。在那个年代，这被认为是一个指挥官所能承受的最大的耻辱。”
与巴格拉米扬和铁木辛哥不同，赫鲁晓夫甚至没有被降职，而是被任命去了斯大林格勒前线的军事委员会。但他也是威信大失(“我对严格意义上的军事事务并不是很精通”，他在被要求到莫斯科游说，争取更多的战争物资时说，“因为让我去说服最高指挥部很困难”)，而且这种痛苦在他内心一直持续着。“很多年后，”他在退休后说：“这个问题仍然困扰着我。我会时常想起它。这是我生命中的一个里程碑，一个痛苦的里程碑。”他的女儿拉达说：“直到生命的最后一刻，他对此都耿耿于怀。”如果他对哈尔科夫战役的警告得到斯大林的重视就好了! 如果更为果敢的朱可夫处于华西列夫斯基的位置上就好了! 但是不管怎么说，他就是没有承担起他自己应负的责任。
1942年，希特勒的计划是征服苏联的南部地区，包括高加索地区重要的油田，然后再转向北，进攻莫斯科。朱可夫回忆说，首都知道如果斯大林格勒落入敌手，那么德国人“就能切断我国南部与中心的联系。我们也许还会失去伏尔加河，我国最重要的水道。……”
当德国军队于8月份开始进攻以及在接下来形势十分危急的数月里，赫鲁晓夫就在斯大林格勒。“斯大林格勒的每座建筑都变成了战场，”军事历史学家约翰·埃里克森写道：“工厂、火车站、独立街道或是小型广场，最后连一堵墙都变成了防御的堡垒。”斯大林格勒的大型拖拉机厂变成夜间残酷厮杀的场所，车间里到处都堆满了尸体。在几次战斗后，负伤的苏联士兵都爬到了伏尔加河边，其中幸运的伤兵在德国飞机的猛烈轰炸中被渡船送到了河对岸。10月底，苏联人在伏尔加河西岸控制的领土曾一度收缩至1000码。然而到了11月份，苏联红军就已经开始准备突然反攻了，正是红军接下来发起的反攻决定了德国军队在第二次世界大战中失败的命运。
赫鲁晓夫的使命就是在斯大林格勒的将军们与莫斯科的最高指挥部之间负责协调。在任命或解除像安德烈·叶廖缅科(Andrei Yeremenko)与瓦西里·崔可夫(Vasily Chuikov)这样的指挥官之前，斯大林都会与赫鲁晓夫商议。在苏联反攻前，他就在各个前线之间来回穿梭，检查部队的战备与士气情况，亲自审讯德国俘虏，征召战俘中的一些人进行宣传工作，防止其他战俘被处决或是受到苏联抓获者的虐待。
在德国飞机对他的指挥所进行轰炸时，赫鲁晓夫差一点被炸死。当德国人的梅塞施米特战斗机攻击苏联飞往前线的轰炸机时，他正在斯大林格勒以南的地区。飞机拖着烟雾，几位苏联飞行员跳伞逃生，但他们却被苏联步兵误认为是德国人而射杀。赫鲁晓夫记得有一位飞行员大声叫喊：“‘我是自己人! 我是自己人!’接下来是一阵机枪声，于是什么都完结了。”
数以千计的德国人的尸体从冻土里被挖了出来，然后被一层尸体一层枕木地堆放起来，点上火。“我没有再回去看第二次。”赫鲁晓夫回忆说：“拿破仑或是其他什么人曾经说过，焚烧敌人尸体的味道很好闻。在我看来，我不同意这种说法。” |
