在某些案件里，赫鲁晓夫起着更为直接的作用。1937年6月27日，政治局确定了在莫斯科市与莫斯科省抓捕3.5万名“敌人”的定额，其中要执行枪决的大约有5000人。赫鲁晓夫要求将现在生活在莫斯科的大约2000名前富农消灭，以部分完成规定的定额。1937年7月10日，他向斯大林报告说莫斯科省市已经逮捕了大约41304名“罪犯与富农分子”。在同一份文件中，他自己圈定了8500名应该执行死刑的“第一类”敌人。
一位采访过当时幸存者的历史学家说，赫鲁晓夫在帮助他的朋友与同事方面做得很少，或者根本什么都没有做。 不过，他的确帮助过李可夫21岁的女儿纳塔利娅(Natolia)找到了一份教师的工作，尽管后来在赫鲁晓夫1938年离开莫斯科，前往乌克兰后，她被逮捕并在牢狱中度过了18年的时光。此外，虽然他在欧内斯特·科尔曼(Ernst Kolman)的姐夫被捕后要求科尔曼辞职，但他还是为科尔曼找到了新的工作。但是赫鲁晓夫不能也不会阻止甚至是他最亲密、最信任的同事被逮捕和枪决。
在斯大林的授意下，莫洛托夫、卡冈诺维奇与伏罗希洛夫(Voroshilov)签署了数以百计的长长的死刑名单，为了在他们的主子面前摇尾乞怜，他们对受到镇压的人大多是胡乱编造罪名。我们可以认为，在缺乏真凭实据的情况下，赫鲁晓夫签署的死刑名单与编造的罪名相比较而言要少些。 秘密警察头目叶佐夫和贝利亚知道莫斯科所有的杀人场所：最高军事法庭委员会的死刑地下室；克拉斯诺普雷斯纳斯基区的瓦甘科夫斯科公墓，在那里泪流满面的囚犯为他们自己挖掘了坟墓，然后满身酒气的卫兵将他们赶了下去；内务人民委员部的科穆纳尔卡国营农场，农场位于城市以南，后来狗在地下用嘴巴拱开了泥土，寻找被害者的尸体；顿斯科伊修道院的市立火葬场，那里有数以千计的尸体被化为灰烬后埋到了一个大坑里，上面铺上了沥青。我们还可以想象一下，虽然赫鲁晓夫需要负责监督莫斯科的囚犯，但这些杀人场所并不属于他权力所及的范围。但是不管怎么说，即使他在回忆录中极力掩饰这一点，赫鲁晓夫在大清洗的记录中还是难以逃脱被谴责的。
赫鲁晓夫承认他曾经“偶然间窥见到了”大恐怖的核心运作内幕。在1937年5月莫斯科党代会期间，他提名一位颇受尊重的军队政委加入市委委员会。这位候选人刚受到了雷鸣般的掌声，突然“我接到了来自内务人民委员部的通知：‘不惜一切手段将此人拉下来。他不可信。他与人民的敌人有联系，即将被逮捕。’我们服从了这一指示，搞垮了这位候选人，但是这引起了所有代表的不安。就在第二天晚上，那位政委被捕了。”
还有一次，内务人民委员部的一道类似的命令来得太晚了，尽管赫鲁晓夫尽力操纵，然而还是没有能阻止雅麦利安·亚罗斯拉夫斯基(Yemelyan Yaroslavsky)这位老布尔什维克的当选。“这道命令对我来说太难了。”赫鲁晓夫坚持这么认为，但是更为严厉的是一位他尊敬的人给他来了一封信，指责他处理亚罗斯拉夫斯基的方式。“我不能向她解释我只是在服从命令。”
当“应被驱逐出莫斯科人的名单汇总到一起时”，赫鲁晓夫后来说，他不“知道这些人要被送到什么地方。我从来也没有问过。如果没有被告知，你只要服从命令就可以，这就是说这件事与你无关。这是国家的事情，你知道得越少越好”。
在另一次党的会议上，赫鲁晓夫宣读一份决议草案，代表们都拼命想通过相互指责异端与叛变来挽救自己的性命。“情况真是太糟了，”他后来评论说：“决议草案中充满了对人民的敌人的谴责。决议要求我们始终紧握锋利的大刀，随时准备砍向敌人，我们现在知道了这些敌人都是他们编造出来的。我不喜欢这份决议，但是我的处境也很为难。我还能做什么呢？”赫鲁晓夫在他的回忆录中说，当时“我们不知道那些被捕的人被处决了，我们认为他们只是被关进监狱，只要服满他们的刑期就可以出来了”。
作为政治局的候补委员，赫鲁晓夫有权收到所有送交政治局的文件。但是他坚持说，事实并非如此，“我只能得到那些斯大林指示我需要注意的材料。大多数情况下都是与人民的敌人相关的材料：他们的证词，一大堆所谓的交代材料”。赫鲁晓夫声称他对这些材料的真实性没有任何怀疑。毕竟，“这些材料都是斯大林亲自交给我的。”
在这些材料中，赫鲁晓夫记得最清楚的是有关他最亲密的朋友被捕的事。相信与季诺维耶夫和加米涅夫没有什么关系的人是叛徒是一回事，但事涉伊奥那·雅基尔(Iona Yakir)与塞米扬·科日特尼(Semyon Korytny)则又是另外一回事。雅基尔将军曾经是他在基辅时的朋友。他们在赫鲁晓夫到莫斯科后一直保持着联系，因为雅基尔的妹妹嫁给了赫鲁晓夫的同事科日特尼。“雅基尔不管什么时候来莫斯科，他总要去他妹妹那里。”赫鲁晓夫回忆说：“我们会一起到科日特尼的乡间别墅去。”
在内战期间，雅基尔亲自处决了几位白军指挥官。他在乌克兰的农业集体化与大饥荒中没有什么过失，但是在警察开始抓捕他亲密的同事时，雅基尔坚持去狱中看望他们，他甚至在伏罗希洛夫与斯大林面前质问他们犯了什么罪。这样他就使自己的名字被列入了清算的花名册中。 |
