“办一个新大学容易，改革一个旧大学难”
他后来给远在法国的李书华信中所说：“弟到此办此一大学，真正上当，大概说来：（1）办一新大学容易，改革一个旧大学难。（2）弟在北大任内，多是老朋友，吵架固多，办事也有甚愉快处，此地是‘接受别人杂牌队伍’。（3）基于政治情形，此地请人大不易也。简直请谁谁不来。”比如他请竺可桢、陈寅恪等都没有成功。[30]这封信写于1950年10月18日，其中一段被全集删节了，他重申“总之，台大仍是民主国家之自由传统，既未统制思想，亦无亲美宣传，亦无‘大课’”。[31]
当然，小到新生入学、盖学生宿舍、学校医院、接济大陆来台学生的“救济金”、解决困难学生“申请工读”等问题，作为校长，傅斯年也无时不牵挂在心。在他手里，台湾大学成为第一流的大学，不是偶然的。在他逝世前不久，他给友人的一封信中谈到台湾大学时写道：“这一年半大学有惊人的进步……学校在一切环境下，尚能维持其应有之liberal tradition of universities（大学的自由传统）。虽然不是没有麻烦。”[32]在孤岛当时的朝不保夕的大环境下，这已经是了不起的成就。难怪有人这样评价：“傅斯年先生在台大两年的最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气……许多不学无术的党棍子，想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅先生施用过，而傅先生英勇坚定，绝不为所动，贯彻自己的主张，且与这些丑恶势力对垒作战。” [33]与那些巴结专制统治者唯恐不及的学术官僚相比，真有云泥之别。
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