为维护大学精神，傅斯年是一往无前，毫不退缩地站在前面。当时的台湾风雨飘摇，一切都没有上轨道，社会情绪激越，学生左倾严重，校园里扭秧歌、撒传单时有发生，一方面他筚路蓝缕，致力于营造大学的学术氛围。另一方面还要抵挡来自政治的风浪，以及社会上的各种攻击，他恪守的一条底线就是大学的独立与尊严。
据陈雪屏回忆当时他的健康情形已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水准的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”。[21]劳累过度成为他英年早逝的重要原因。
4月6日，傅斯年接到国民党警备司令部的公文，指控14名学生“张贴标语，散发传单，煽惑人心，扰乱秩序，妨害治安”等，要将他们拘捕，并进校抓人。据包天笑日记，这一天台北宣布戒严，“有几处热闹区域，均断绝交通”，一时风声鹤唳，人心惶惶。第二天，警备司令部的名单上又扩大到23人之多。对此，身为大学校长的傅斯年无可奈何，为了保护学生，他当时的态度很明确。4月7日，台大行政会议上作出由校长本人向国民党当局接洽的决定（当时省主席为陈诚），提出四点要求。
一、凡载在名单内之被捕学生，迅即移送法院审讯；二、凡不在名单内而被捕之学生，即予释放；三、以后如不发生新事件，绝不再行拘捕学生；四、准许学校派人探视被捕学生。[22]
傅斯年不断地要求当局“依法处理”，也就是从法律途径上努力，他内心的痛苦旁人是无法体会的。当时国民党残余政权尚未迁台，对学生的思想钳制并没有像后来那样严密，白色恐怖还没有正式揭开帷幕，岛上反内战、反饥饿、反迫害的学生运动也和大陆一样此起彼伏，校园里跳起了秧歌舞，有学生还专门写下《为什么扭秧歌》的文章，一派天真烂漫。傅斯年却深知其中的复杂，他也曾协助国民党当局将一千多名左倾学生遣返大陆，功过是非，后人自可评说。有人说他的“可爱之处”是，他与国民党保持着良好的关系，经常向蒋介石要经费，上一次草山（后改名阳明山）必满载而归。所以他曾开玩笑说：“胡适比我伟大，但我比胡适能干。”但他并不跟着国民党当局钳制学生的思想，无论在怎样的情况下，他始终坚持校园内必须有自由的学风。“当时有位学生受累坐牢，即赖傅斯年营救得以伸冤。中研院史语所还保留了这位学生感谢傅斯年救命之恩的一封信。其他被捕学生有的说：‘当时傅斯年自北大带来的自由学风，就算有特务进了校园，也起不了作用。’”[23]
自由学风，无论到什么时候都会令人向往。当年的台大学子都相信那是他们的校长从老北大带来的，有两个例子可以证明这种学风的可贵。一是傅斯年做校长那一年入学的台大学生可以不读三民主义，也不要升旗，在此之前和傅斯年谢世、钱思亮继任后，这都是不可想象的，算得上是空前绝后。二是台大政治系教授萨孟武一直放言无忌，批评国民党的法统，播撒民主法治的种子，很多外系的学生都去他的课堂旁听，影响越出了校园外，连他的口头禅“因此他之故”也闻名遐迩，成了大家的口头禅，对一代青年产生了深远的影响。萨孟武的言论自然让国民党当局头疼不已，因为有傅斯年在，他就可以在台大继续教下去，不用改变什么，一旦傅斯年不在了，国民党的党团势力渗入台大，也就一切都变了。
傅斯年挺身保护学生的故事，在台大更是一直传为美谈。难怪在他身后很多年，有人这样说，读书人应该有一种骨气。“这种骨气，已不能在傅斯年以后的历任台大校长身上找到了。”[24]
傅斯年和亦师亦友的胡适一贯主张表达意见要署真名实姓，表示负责任，因为我们要争取的不是匿名的自由。1949年5月初，在台大校园里出现了匿名的油印传单，以极丑的词句攻击训导主任，他发出布告：“须知匿名之事，即不负责任之表示；而丑言攻击，实非大学教育所能容。”“总之匿名传单，恶词攻击之风气，与良好之学校风习决不相容。”[25]
5月20日，他发布布告，台湾已宣布戒严，即进入战时状态，要学生注意，所有壁报必须由登记团体盖章才可张贴，其中文字如发生事故，由登记人负责。不得举行非学术性、游艺性、交际性的集会，即使是这类集会事先也要经训导处许可。但当国民党当局变本加厉地践踏大学独立、学术自由的制度，肆意逮捕师生时，他终于忍无可忍，挺身而出，不准军警随意入校捕人。国民党政府下令实行联保制度，一人因政治思想“不纯正”被判罪，其他人都要连坐。面对这样极端反动摧残思想和学术自由的制度，傅斯年愤慨地对国民党当局声明，台大师生由他一人担保，发生问题，他负全部责任，从而迫使这个反动制度在台大无法推行。
他在国民党统治下致力于维护大学独立的原则，可以说已经竭尽所能。早在1932年，面对国民党在大学推行党化教育或所谓三民主义教育，他就尖锐地指出：“教育如无相当的独立，是办不好的。官治化最重之国家，当无过于普鲁士……当年以德皇威廉第二之专横，免一个大学校长的职，竟是大难……其用人行政，一秉法规，行政官是不能率然变更的。”[26]
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