台湾大学最初是日本殖民地时代建立的，所以台大将1945年光复之日算是校庆之期。到傅斯年接手时才迎来了第四次校庆。他之所以能把台大办成孤岛上的北大，这不仅取决于他的干才，取决于他大刀阔斧的勇气与锐气，更主要是他的办学理念，他完全继承了北大的传统，纯粹为办大学而办大学，在相当程度上保持了大学的独立性和学术的尊严，比如拒绝三民主义进学校等。
4月20日，傅斯年上任未久，就在《台湾大学校刊》发表的《国立台湾大学三十七年度第一次校务会议校长报告》中明确提出：“第一流的大学，不能徒然是一个教育机关，必须有它的重要学术贡献，但是，也没有一个第一流的大学，把它的教育忽略了的。”他提议通过一年半时间，改进各种通习科目。“务使来校的学生，一进大门来，便得到第一流的教授教他们的普通课，教课之需要实习者，得到充分的实习机会，有富裕教本参考书的阅览室可用，有优良的助教改他们的卷子，国文和外国文的程度，一年之内顿然改观。”[2]同时他也表示：“不是我要把一个大学办成一个专是教书的大学。一个专是教书的大学，不会把书教得很好，因为学术水准低，自然不会把书教得深入浅出。所以在进行本校的教育建设上，也应该时时不忘学术的标准。”他说这些都是“卑之无甚高论”，“但在目前大局不定、社会动荡之下，不特‘高调’无从谈起，即此‘低调’，若努力担负起来，也是极其吃力的。……究竟大局与环境能允许我们做到几成，总在未知之数”。但以他那种“虽千万人，吾往矣”的精神力量，他只会一步一个脚印地往前做去。[3]
什么是大学？近代意义上的大学在傅斯年心中是很清晰的，他说：“大学是个教授集团，不是一个衙门，照大学法，校长虽然权力甚大，然我为学校之前途计，决不能有极权主义的作风。”[4]他深知：“一个大学必须大家要办好，才能办好，便可以办得好，决不是校长要办好的。我所谓大家这包括全校教职员、学生、工友在内。”[5]
“大学的主体当然在教授，为教育、为学术的研究，这都是当然的。假如教授受行政人的干预太多了，流弊极大，可以弄到学术研究根本难得进行。”[6]所以他原则上赞许大学的讲座制度，认为要保障教授的独立性，教学的自由，如果大学教授与中学教员一样，大学便不成其为大学。五四时代，他在北大度过了人生中重要的六年，赶上了蔡元培主政的时光，风云际会，组织新潮社，创办《新潮》杂志，发表了大量鼓动新文化、新思潮的文章，终于和师长陈独秀、胡适他们一同造成时势，开创了新时代，蔡元培先生“兼容并包，思想自由”的观念，以及“教授治校，学生自治”这一套制度已经植根于他的生命深处。在他短暂的55年人生中，从进入北大读书开始，几乎就一直没有离开过大学。他曾先后出任中山大学、北京大学、西南联大教授。在受命担任台湾大学校长之前，他做过西南联大校务委员、北京大学代理校长，对办大学并不是个生手。他有着让胡适佩服得不得了的行政能力，同为“五四”时期北大学生领袖的罗家伦和他开玩笑说，蔡元培、胡适是北大的功臣，而他们是功狗。如今走进台大校园，还能找到被称为傅园的傅斯年墓。有学者说：
“台大校史上，孟真（傅斯年）先生虽非创校校长，但在常规及制度之设立上，恐无人能出其右。” [7]
他是“五四”之子，三十年来他的作为表明他是当年五四理想执着的捍卫者，三十年后，当他在乱哄哄的孤岛上受命主持小小的台湾大学时，他心中的模本就是三十年前的北大，教授享有学术自由、教学自由，这是不言而喻的，作为校长，他就是要保障教授的这些自由。所以他才会骄傲地对人说：“总之，台大仍是民主国家之自由传统，……既未统制思想，亦无亲美宣传(对大陆之亲苏不同)，亦无‘大课’”。[8]
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