即便是在整天为柴米油盐发愁的日子里，竺可桢也没有忘记被国民党关押在狱中的学生。1月25日，李宗仁出任代总统后，“报载政府将释政治犯，停止特务，并各大城市解严，恢复各种停刊之报纸”，浙大即以校方名义向特种刑庭要求保释吴大信、李雅卿、郦伯瑾、陈建新、黄世民等五个学生。午后，他亲自到监狱探望了吴大信他们五人，其时郦伯瑾等三人入狱已达一年之久，他和吴大信等谈了一会就出来了，“回途走归”。
1月26日早晨，浙大自治会的学生包洪枢等告诉他，他们将集体前往迎接吴大信等出狱。他说特种法庭虽然答应交保，但是否今天就能释放并不知道。但学生性急，前一天晚上就已开会决定去迎接。因为担心学生安全，他请苏步青等三位教授前往特种法庭，并电话通知相熟识的监狱长，告诉他将有大批学生要去。浙大学生排队前往监狱，一路在墙上大书“还我于子三来”、“严惩战犯”等标语。竺可桢很担忧，如果与退伍军官及前方撤下来的士兵相遇，将会发生冲突。“幸告无事”他才松了口气。当晚，他就接见了吴大信等五人。同时他也接到了保安司令部的公函，“谓贵校学生午后结队游行，公开散发污蔑政府之传单；在戒严时期急应制止此种行为云云”。 [38]
第二天上午，他与苏步青召集学生自治会代表包洪枢、左大康等七八人开会，“责以昨日去第一监狱保释吴大信、李雅卿、郦伯瑾、黄世民、陈建新等五人，校中集队去之学生二百余人不应该以浙大名义在广济医院及各处墙上乱写标语，因墙各有主，不能乱涂；且前方退回中央军已云集杭州，一旦治安不稳，则此辈军队随时可以浙大为目标而进攻，则浙大之安全不可保。学生集全力以筑围墙，轮流守夜，为的是安全，而到处标语，适足以召祸而已”。[39]
难得的是即使在这样风雨飘摇的日子里，竺可桢依然坚持办学的原则。2月7日，陈仪亲自出面向他说情，有两个学生要到浙大借读，其中一个是暨南大学外文系三年级的郁飞，即被日本人杀害于印尼的著名作家郁达夫之子，当时住在陈家。竺可桢表示：“余颇以为难，因欲来借读者人数甚多，且此二校均在上海南京继续开学，何必借读于浙大。” [40] 2月10日，陈仪再次问及郁达夫儿子来浙大借读的事。“余以暨南在沪开学，目前暂难有办法，俟开学时有余额再说。” [41]哪怕有他的留美老朋友胡适亲笔信，也不能通融。3月25日上午，北大法律系二年级学生华力带着胡适的信前来，竺可桢表示“浙大开学已六星期，此时不能再收借读生”，只有等暑假再参加入学考试。[42]
对1945年“失踪”的浙大教授费巩，竺可桢更是念念不忘，直到1949年还多次在日记中提及。1949年12月31日，竺可桢在北京接到费巩哥哥费盛伯来信，称费巩之死“系三青团康泽所为”，他马上写信给政务院总理周恩来，“嘱追查其事”，并表示“日后当面询此事也”。[43]
竺可桢爱校如家，爱生如子，对浙大和莘莘学子极为深厚的感情成为他毅然决然选择留下的重要原因之一。正因为如此，浙大师生才会一再吁请他重回浙大。当然，对于倾注了壮岁全部心血的浙大，即使在离开之后，他也是无时不在关心。他在上海等待变化期间，和杭州的联系一直很频繁，浙大师生一直希望他能回校，他则以“一时难脱身”推辞。5月1日，他初到上海，就在日记中表示自己身为浙大校长，“故有部令不得不来沪”，王劲夫来电请他回杭，同时接到校中全体师生来电，要派代表到上海请他回去，他只是叹息“但余目前已无[从]去杭矣”。5月3日，他接到电话，知杭州已于下午三点半“失落”。打电话到杭州，已无人接电话。5月22日下午，他听说有人骑脚踏车到上海，称杭州有三处被炸，钱江大桥、城站与浙大，他很着急，“深望此说之不可靠也”。5月31日，他从来信及来人得知，“知杭州一切安好，并无轰炸城站及浙大之事；并知5月3日杭州之解放极为平安。学校尚未接收，但照常上课。每人曾由文教处发三千元之人民币，教授与校工一律待遇。校务会议常务委员为蔡邦华、王劲夫及谭天锡三人云云。……振公函则谓杭州市长谭震林已按中共当局令余回浙大主持。如此信确，乃其不幸之事，因余对浙大校长一职实已厌恶万分也……”[44]
6月2日，他写信给蔡邦华、王国松、谭天锡及所有同事、学生，恳切地表示不回浙大。“十四年来，弟在浙大虽竭尽绵力而仍不免左支右绌，烂额焦头”，现在年达耳顺，精力日衰，更应“退让贤路”。[45]长期的校长生涯已使他心力交瘁，他想回到科学研究的本行中去，这也是他长久以来的心愿。本来1936年接受蒋介石的邀请，出任浙大校长只是临时性的，因为抗战一拖再拖。在时代巨变之后，他再也不想恋栈了，所以他才会说“厌恶万分”。
6月10日，竺可桢收到杭州来信，得知浙江军管会于6日起派军事代表二人，并派严仁赓、陈立、许良英、包洪枢等九人组成接管小组，召集临时校务会议。“指出嗣后浙江大学是人民的学校，担负着培养人材的重大任务。目前工作仍由临时校务会议执行，但一切措施，应有军事代表签署始能生效力。”6月27日，有人告诉他，大多数教员热切盼望他回校。当时盛传浙大法学院将与上海各校法学院合并，浙大有人希望他能向新政权进言，他表示自己既已辞了校长，自不便专门进言，“但如其咨询，自当尽忠以告”。[46]7月5日，他听说“前天浙大同学会讨论事务，决计挽留余回校”，并派出多人到杭州，与浙大同人商量挽留办法。“余表示决绝不干，谓余在浙大十三四年，自四十六以至六十岁，实为余之壮年时期。现已达衰老，应让余退休。因大学校长职务繁重，非老朽如余所能胜任也。”[47]
7月17日，在北平科学会议期间举行的浙大校友会上，王淦昌、蔡邦华、苏步青、贝时璋等参加，与会者纷纷发言请竺可桢回浙大。“余甚为感动，回答时余几不能发言。”[48]裘克安甚至提议发起请他回校的签名运动。9月6日，蔡邦华告诉他，浙大接管后，停聘60多名教授，胡刚复等都在其中，还有些职员，他感叹“可知浙大接管情形与北大、清华、南开可谓全不相同也”。[49]
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