“应该有独立之思想，不能人云亦云”
对浙大和学生的深厚感情，对竺可桢选择留下也有着举足轻重的影响。长期以来国民党强硬势力总是指责他“放纵学生自由，甚至纵容共党”，甚至将浙大称为“共匪之租界”，其实是毫无根据的。他一贯信奉孟子、王阳明的性善说，在浙大，他就是以这样的观点看待学生，认为每个学生都是好的，除非他以自己的行为证明自己是坏人。他理解学生对现状的强烈不满，正如他在1948年6月22日的日记中说的：“学校为社会之缩影。因政治不安定，所以学生喜作政治活动。”但他向来不赞成学生从事政治活动，更不认同学生的左倾。
到1948年7月5日，他还对学生说：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我们以白米面包，但吾人而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余更属可鄙。”1949年1月2日晚，他观看了学生游艺会，其中有“讥讽政府”的《逃》、《皇帝与太阳》等话剧；4月5日晚，他带着孩子去参加浙大合唱团春季音乐会，合唱中有沈思岩的《贵州谣》及《八月葵花》等歌曲，他“均嫌政治气味太重”。[28]此前1947年11月10日，他在浙大校务会议上曾说：“余同情于子三之惨死，但并不同情其政治活动。学生在校，尽可自由信仰，但不得有政治活动。”对浙大“民主墙”——生活壁报，他的态度也是如此，他不同意政治气味过浓，但他认为只要学生以真实姓名发表批评意见，即属言论自由，没有理由取消。浙大学生自治会出的《每日新闻》“全载共产党广播，为保安司令部所不满；且对外销售”，他也只是“嘱自治会将《每日新闻》出版负责人或机关印出（《每日新闻》只有出版地址）。若欲向外发售，必须向市府登记”，并没有加以干预。[29]
竺可桢主张教授治校、学生自治、学术自由、“为学问而学问”，他为浙大确立的校训“求是”就是要求学生追求真理，一切以真理为依归。他本人不过问政治，也劝别人“不必过问政治”。但他担任浙大校长的十三年正是动荡不宁、学运风起云涌的十三年，特别是1942年以来，浙大多次发生学生、老师被捕事件（1942年、1945年、1947—1948年间），每一次他都是尽力营救，竭尽所能，千方百计地奔走，毫不畏缩，更不推卸责任，法庭审判时他都是亲自到场。也因此这个大学校长身上才散发出一种灼人的光芒，大多数浙大师生对他的爱戴同样是真诚的，发自肺腑的。
对他而言爱护学生是他的本分、天职，国民党当局每次叫他开除学生，他的态度都很明确：“故吾人总须爱惜青年，不能以其喜批评政府而开除之。”他认为“办教育之基本信仰与警察厅长不同”。浙大学生领袖于子三被国民党杀害后，他以一个校长的身份挺身而出，公开自己的道义立场，这可歌可泣的一幕必将永远感动后世。1949年9月10日，他在北平六国饭店见到张元济和沙文汉（沙孟海弟，后改名张登，浙江新任教育厅长），“据言于子三并非共产党员。谓余在《申报》上发表了谈话，为于子三抱怨，因此酿成各方之同情，国民党政府因之再不敢大肆搜捕虐杀云云”。[30]
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