在1949年的名人抢夺战中，国民党方面虽然一再想拉竺可桢去台湾，但对他也是心存芥蒂，并早已将他列入所谓“和平分子”的黑名单。4月15日，竺可桢的朋友周普文告诉他，曾见到过特务人员的两张黑名单，一张是“反动分子”，不易见到。一张是“和平分子”，很多知识界的朋友都榜上有名，竺可桢也名列其中。[18]国民党特务的这张“黑名单”对于竺可桢最终下决心不去台湾，恐怕不会没有影响。他在思想自传中讲到1949年的选择时说到杭州解放前三天离开浙大到上海中央研究院的原因：“首先由于国民党特务视浙大为眼中钉，而且从他们看来我是站在学生方面，是他们的对立面，在他们撤走以前，有可能做些对我不利的事情。其次，我对共产党办学方针毫不了解，不如回中央研究院重理旧业为适当。”[19]
对于蒋介石排除国民党内的异己，将深得杭州市民拥护、对浙大多有照顾的浙江省主席陈仪免职、幽禁，竺可桢在日记中多次表示了不满。
2月17日一早，他从《大公报》获知陈仪被免职。“公洽到杭后，对于浙大备极爱护，如教职员工之给无价米、吴大信等五人之无条件释放。一旦换调，不知日后省府之是否更变政策也。”
2月18日，“有人以为上月二十六吴大信[等]释放时浙大学生大贴标语，省府置之不问不闻，与此次之更调有关，因特务方面必扩大其辞以报告蒋也。余以此知余地位之危险。陈叔谅早有言，谓浙大学生应加取缔，不知校中教职员全不管事，而使余首当其冲也。季谷谓陈公洽星期一九点去上海。任显群则已先时离杭，因任之作风，非有陈公洽之雅量不能相容也”。
2月21日，“省长陈公洽、市长任显群离杭去沪，市民送者极为拥挤，在太平洋影戏园开会”。陈仪临行前，竺可桢去送行，谈了十分钟。“余告以过去渠对于浙大同人给与无价米每月七斗，同人极为感激，而对于学生之越轨行动保安司令部和特务机构均欲严办，总由渠个人加以宽容之办法尤为难得。据云渠此次之免职，重要原因之一为一月二十六吴大信[等]五人释放[时]沿途游行并贴标语，特务报告更夸大其词一事所致。余得此消息于公洽之口，心中极为不安，因公洽去浙是一极大损失，因其人确有理想，且具胆识也。” 陈仪与任显群离杭前夕还交代说浙大学生办的《每日新闻》千万不要向校外发行，“不然必起冲突”。[20]
3月3日，竺可桢在南京和翁文灏见面。“陈公洽之看管亦为事实。……三点朱骝先来谈，知陈公洽免职命在十七日前一周已到，广州孙哲生亦不明底蕴，后在上海遇浙警察[？]长，知陈公洽确不见客，谓其曾函共产方面，愿单独媾和云……”
3月4日，竺可桢回到杭州。“李季谷来，知陈公洽确被监视于衢州汤恩伯家中，因渠曾亲笔函某长君，劝采取个别与共产党取得和平之故云云……”[21]6月6日，他前天听说陈仪“已被押至台湾”，但告诉他的人“认为无性命之忧”。[22]7月4日，“李季谷来，知外传陈公洽在台与张学良被一同枪毙之说不确”。[23]不过，陈仪最后还是被蒋下令杀害了。
在上海最后的白色恐怖中，竺可桢更是见证了国民党的暴戾，他在日记中一一记下了国民党败退前的罪行。
5月6日，他从上海医学院朱恒璧那里知道，国民党士兵4月26日曾进入复旦，校长章友三受到侮辱。“谓不许友三声张，且搜查其寓所至三次之多，而主持之者皆系学生也。复旦校舍亦受破坏。交大驻兵至万人，在校中搜出左派宣传刊物至二卡车之多，使王之卓不能抗议驻兵云。”[24]
5月8日、9日，他听说陈鹤琴前日曾被上海警察局拘捕，因左翼的中小学教职员联谊会曾发帖请陈鹤琴为顾问。请柬尚未发出就遭检查，陈以此而被捕。“局中刑事科长适酒醉”，有人问如何发落，“科长乘醉狂言曰一律枪毙。其草菅人命如此”，“后经章友三、王之卓、朱恒璧等四校长向市长力保，由陈良面批交警察厅毛森释放。余闻之毛发为之森然”。[25]
5月22日，他在霞飞路看见“有黄牛党以高价买卖银元而枪毙”，不过他认为“昨日枪毙者计六人。但抬高银元黑市决非六人所能为力，亦冤哉枉也”。[26]
6月20日，蒋介石派飞机轰炸上海，竺可桢认为“此时轰炸上海，徒苦人民，实乏意义也”。[27]
正是对国民党的暴戾有清楚的认识，他才逐渐对蒋介石和国民党政权从失望继而绝望。
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