舒尔哈齐虽然没有还嘴，但内心对努尔哈赤已生怨恨，兄弟之间的关系正式出现裂痕。
到万历三十五年(1607年)，努尔哈赤又以舒尔哈齐在乌碣岩战役中作战不力，下令将舒尔哈齐的两名部将常书、纳奇布论死。舒尔哈齐不服，认为是努尔哈赤想削弱他的势力，于是向努尔哈赤极力担保，常书和纳奇布这才免死，改罚常书银一百两，夺纳奇布所属牛录。
努尔哈赤这次虽然答应了舒尔哈齐的请求，但渐渐疏远了他，后来又借故削夺了他的兵权，将他放到一个有名无实的位置上。被削夺兵权的舒尔哈齐内心郁闷难耐，经常口出怨言，向他人诉说努尔哈赤的不是，还说与其这样活着不如死去好。
努尔哈赤见舒尔哈齐公然与自己作对，为了巩固汗权，不受舒尔哈齐的潜在威胁，他下令收回舒尔哈齐的财产和阿哈(家奴)。为了免除后患，努尔哈赤又将舒尔哈齐的儿子中经常反对自己的阿布什杀死，并将舒尔哈齐的部将武尔坤吊在树上活活烧死。
然而，努尔哈赤还不放心，最终于万历三十九年(1611年)8月19日将舒尔哈齐杀死。
在解除了舒尔哈齐对汗位的威胁之后，努尔哈赤又面临着第二次家族内部的斗争，这场斗争的焦点集中在他的长子褚英身上。
褚英生于明万历八年(1580年)，18岁的时候就奉父命率军攻打安楚拉库路，由于作战勇敢、杀敌有功而被赐号“洪巴图鲁”；之后又在碣岩战役中立功，被赐号“阿尔哈图土门”。由于在兄弟之中居长，且又经常随努尔哈赤出征立功，努尔哈赤有意培养褚英做自己的接班人。为了锻炼褚英，努尔哈赤授命于他执掌国政。
褚英的受宠很快使他受到其他兄弟，尤其是四大贝勒和五大臣的嫉妒和反对。四贝勒即努尔哈赤的二子代善、侄子阿敏和三子莽古尔泰、四子皇太极，他们各为旗主贝勒，拥有军队和权势，在旗内是最高统治者。他们不满褚英得势，加上满洲又无立嫡长传统，所以他们不断向努尔哈赤揭褚英的短处，企图使努尔哈赤疏远、废黜褚英。
五大臣是与努尔哈赤长期同甘共苦的亲密伙伴，即费英东、额亦都、扈尔汉、何和里及安费扬古。他们在多年追随努尔哈赤的过程中，立下了卓著功勋，因而威望高、权势大，连努尔哈赤对他们也要礼让三分，而褚英不到30岁就执掌大权，对他们又缺乏应有的礼数，所以他们也对褚英有所不满。 |
