这是李自成第一次占据了一个落脚点来进行有规模的组织建设。当然，主要工作由李岩、牛金星、顾君恩等谋臣协助完成的。李自成在这里完成了最初的制度建设，行政机构上设相国一名，左圃右弼各一人，军师一人，设侍中职，仿明朝六部，下设兵、吏、礼、工、刑、户六部，地方官有防御史、府尹、州牧、县令等。
军事机构也效仿明制，分为前、后、左、右、中五营，其中最强的是中营，五营统率权由正副权将军担任，田见秀、刘宗敏担任此要职，各营的首领统称制将军，由李岩、刘芳亮、刘希尧、袁宗弟、李过担任。营的基层组织则称之为小队，每营有小队不等，中营最多。
在李岩、顾君恩的协助下，李自成带领义军建立了严明的军纪，细到起床吃饭、站队议事等诸项事宜皆有条例。最重要的是，李自成明确了军队与百姓之间的纪律：出兵作战缴获财物，不得私藏，必须在军帐内驻扎，不准私住民宅。进驻投降的城市，不得烧杀劫掠，行军时除携带自己的家属外，不得携带其他妇女。
李自成在襄阳以极高的效率建立了临时政府，约定了临时的章法，虽然都很粗糙，但是已经看出，他的军队已经走向了规范化的道路。他仿效明军建制，一方面暴露出他并没有更好的制度可用，但另一方面，则体现了他已经开始注意到军队制度建设的重要，而对于军纪的强调，则更表明李自成已经有了“民为重”的思想，他认识到了取得天下民心的重要性。这与明军残民以逞的作风成了鲜明的对比。李自成本人会有这种意识，这当然是与李岩、顾君恩、牛金星、宋献策等谋士的影响分不开的。
李自成在襄阳修整后，他马上要面对的是平生最强劲的对手，也是他夺取天下的最后一个对手——刚刚被放出来的一代名将孙传庭。
放出孙传庭是崇祯一个无奈之举。随着李自成的势力越来越大，崇祯慌了手脚，河南失守后，他马上下令逮捕现任兵部尚书丁启睿，放出了还在监狱里的孙传庭。出了狱的孙传庭连罪名都没来得昭雪，刚上任就担任起三边总督的职务，主要任务便是截击李自成。 |
