“五味”（酸苦甘辛咸）的归纳就要简单得多。《神农本草经》具体药物之下的“味”没有超出五味的范围。日常最为多见的味觉就是五味。后世虽有“淡”、“涩”等味的划分，但因在《神农本草经》成型的汉代，五行学说已经成为人们认识世界组成的基本模式。因此，五味的数字直接取用五行之数。在《神农本草经》中，五行学说不仅体现在“五味”的归纳，也体现在具体药物之中。据比较，王家葵，张瑞贤，《神农本草经研究》，页83。《神农本草经》“五芝”条的五种颜色、五种味道、所补益的五脏、出产各山的方位，无一不合乎五行。此外，“五色石脂”条后记载：“五石脂各随五色补五藏”〔宋〕唐慎微，《重修政和经史证类备用本草》，卷3，页93。，更明确地说明当时已将五行学说引进了药学理论。
必须指出的是，早期的中药四气、五味理论虽然借鉴了气候（含有阴阳学说）、五行学说来归纳和命名，但其具体内容却是医疗实践中的提炼。因此，药物的四气五味是可以禁得起重复验证的性质。这些性质取决于药物内含的物质，因此，四气、五味理论的基础实际上是源于经验，乃中药最核心的理论内容。
君臣佐使
中药药性理论之一。用于区分药性，则养命之药多君，养性之药多臣，疗本之药多佐、使。用于配方，则主病之谓君，佐君之为臣，应臣之为使。 就像中医最古老的理论著作《黄帝内经·素问》一样，《神农本草经》也借鉴了当时的社会组织模式。在《黄帝内经·素问》中，五脏六腑的功能用社会组织中的“十二官”来比喻，其中“心为君主之官”，是十二官的统帅。在《神农本草经》中，我们同样可以看到社会组织在药理中的反映。“药有君臣佐使，以相宣摄合和”，也就是说药物也同样存在等级，有君、臣、佐、使之分，“犹如立人之制”。它们组合起来，有主导、有控制，互相配合，发挥作用。在配合使用的时候，也和人间社会组织一样，总是君少民多，所以《神农本草经》说“宜用一君、二臣、三佐、五使。又可一君、三臣、九佐使也”。〔宋〕唐慎微，《重修政和经史证类备用本草》，卷1，页30。
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