李时珍《本草纲目》毕竟是一部综合性的本草巨著，该书可以代表明代药学的最高水平，却不是明代医家广为使用的实用本草书。尽管《本草纲目》在药物基原考订、药理学说体系化、临床药效总结和甄别三大方面都达到了前所未有的高度，但本草学术从北宋以来，以临床药学为中心的状况并没有改变。在医家之间流传的仍然以小型实用临床药书为主。供初学者使用的《药性赋》、《本草歌括》之类的入门书充斥市场。在《本草纲目》之前，水平较高的普及性本草甚少，只有陈嘉谟《本草蒙筌》(1565)值得称道。其他本草书多摘引拼凑前人的药学资料，略加补充，很少有新的创见。直到明代末期缪希雍《本草经疏》首创“开凿经义”〔清〕张璐，《本经逢原》，见《张璐医学全书》（北京：中国中医药出版社，1999），“小引”，页771。（发掘阐释《神农本草经》的义理），此后的本草学术才在临床药学研究方面出现了新的气象。
六、临床药学研究与尊经之风
缪希雍(1546—1627)，字仲淳（或作仲醇），明万历年间名医。他与明代著名科学家李时珍、徐霞客、徐光启、宋应星等均生活在明代末期。这一时期欧洲文艺复兴正如火如荼地开展，而此时的中国，政治日益腐败，商品经济却有了很大的发展，出现了资本主义的萌芽。在江南水陆交通发达的地区，人文荟萃，思想活跃，涌现出了许多科学技术人才。此时的医药学也出现了一派小复兴的景象，名医辈出，缪希雍就是其时的名医之一。
缪希雍时代的医药学，受金、元医学的影响很大。由于师学传承的关系，社会上的医生对金、元医家各有尊崇对象，其中又以李东垣、朱丹溪的学说最为盛行。医学家们或倡滋阴，或倡温补，一直沉浸在金、元医学理论争鸣的余波之中。虽然金、元医家各自的理论建树大都以《素问》等经典医著立论，但他们的处方用药，却已经大不同于古人。明·王纶曾这样评论当时的医学界：
近见东垣、丹溪之书，大行于世。今之医者，见其不同古方，率皆效颦，治病辄自制方。然药性不明，处方之法莫究，卤莽乱投，反致生无甚有，变证多端，遂难识治。〔明〕王纶，《明医杂著·东垣丹溪治病方论》（南京：江苏科学技术出版社，1985），卷3，页105。
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