药物功效主治的积累和甄别是临床药学的主要内容。北宋以前，药效苦少，所以有效必录。北宋唐慎微《证类本草》问世以后，药效的积累已经到了一个较高的水平。对于临床医家来说，面对千百年来堆积下来的药物功治，必须进行提炼以适应临床所需。北宋灭亡以后，此后的封建王朝再也组织不起像样的官修本草。本草学术舞台上一度抢眼的儒臣、医官逐渐让位于临床医生。宋代以后医、药分家越来越严重，以至于民谚云：“卖药者两只眼，用药者一只眼，服药者全无眼。”〔明〕陈嘉谟，《本草蒙筌》（北京：人民卫生出版社，1988），“总论”，页3。意思是卖药的人既懂药又知医，当医生的人只知道用药，而病人什么都不知道，任由医药人员摆布。医不识药到明代已经是很普遍的事。像李时珍那样通医懂药的大家非常稀少。因此，从总体上来说，北宋以后的本草学术研究重心愈来愈集中于临床药学。
金、元医家在建构药理体系的同时，也进行了大量的药物和药效精简提炼过程。金·张元素在《珍珠囊·诸品药性主治指掌》出示的药物不过90味。各药条的内容全在药效的总结归纳。例如：
羌活：味苦甘平，微温，无毒。升也，阴中之阳也。其用有五：散肌表八风之邪，利周身百节之痛，排巨阳肉腐之疽，除新旧风湿之证。乃手足太阳表里引经药也。
对照《证类本草》所载，可知《珍珠囊》中的功效不仅简练，且所用术语也很通俗，并且有金元时新创立的“引经”内容。金元临床药学代表作《汤液本草》所载药物不过242种，其中所引金、元医家论药之言也非常简单。所以在元代一统之后，经金元医家遴选过的药物、提炼过的药效得以大行于世。
南宋的本草学术发展没有金、元那样波澜起伏，他们主要是吃着北宋《证类本草》的老本，做一些零敲碎打的加工。现知南宋也曾出现过十几种本草书，但大多是在《证类本草》基础上删繁撮要，少有新的理论创见。南宋医学风气崇尚“易简”廖育群，傅芳，郑金生，《中国科学技术史·医学卷》（北京：科学出版社，1998），页342。，这一风气在本草学术上也有种种体现。南宋出现过多种节要本草，以适应临床医生所需。此外在若干医方书的前后，还可见一类附录式的本草卷篇。这些本草卷篇依托某一医方书，辑录与该书相关的药物炮制法，或常用药的主要功效。例如许叔微《本事方》(1132)后附有“修治制度总例”、张锐《鸡峰普济方》(1133)卷一之后也附有165种药物炮制法、刘昉《幼幼新书》(1150)末卷附录了158种药物等。这样附录式的本草卷篇内容极为简单，但却与其原书内容紧密贴合。
南宋的本草学术并非一无成就。从临床实际出发，评论前人所记载的药效，是这一时期本草学术的一个焦点。南宋唯一的一次官修本草是《绍兴校定经史证类备急本草》(1159)，该书主体内容是《大观本草》，而最有价值的是各药之后编者所附按语（冠以“绍兴校定”）。编纂者主要是医官，他们在文献汇集、基原考订方面都无法与其前辈相比，但其特长是熟悉各药在南宋时的使用状况，所以“绍兴校定”中对许多药物的使用实况进行了评论。例如：
|
