本草知识的核心追求，是保证药物的安全、有效。为此就必须确保药物基原（药物的原动、植、矿物）的准确、药性功效的切实、用量的适当，以及采集、储藏、炮制方法的正确。要保证药物基原准确，光凭罗列各地药名是不行的。解决异名同药、同名异药，以及准确鉴别形态相似药物，是保证药物安全有效的一个最突出的学术前沿问题。在本草史上，解决这一关键问题花了1000多年。
药物基原
指药物的种类来源。如黄连用根，根称之为药材，黄连全株即是黄连的基原。 前面已经提到，西汉以前成书的《五十二病方》已经有关于药物形态的零散记录。在《神农本草经》中，若干药名已经表现了药物的鉴别特征（如水银、大黄、甘草、紫草、白及、滑石、丹砂等）。三国时《吴普本草》中，药物形态描述明显增多。例如细辛：“如葵，叶赤色，一根一叶相连。”〔宋〕李昉，《太平御览》，卷989“细辛”，页4378。甚至有的早期本草专门探讨药物形态。例如《桐君采药录》（一作《桐君药录》）的内容是“说其花叶形色”。〔宋〕唐慎微，《重修政和经史证类备用本草》，卷1“陶弘景序”，页30。从该书现存于《本草经集注》中的少量佚文来看，当时已经注意到植物的叶刺、根汁、花从叶出、茎皮的纵横纹理等特征。虽然早期本草已经含有药物基原形态鉴别的内容，但总体看来，对药物基原形态的描述很不全面，有关药物鉴别的知识非常少见。
从梁·陶弘景《本草经集注》开始，药物来源（种类和产地）的鉴别成为本草的一个非常重要的内容。用陶氏自己的话来说，就是“分别科条，区畛物类，兼注铭时用土地所出”。例如萹蓄：“布地生花，节间白，叶细绿。”许多药物主要描述药用的部位。例如藜芦，“根下极似葱而多毛”；常山，“细实黄者，呼为鸡骨常山”。同上，卷10“藜芦”，页251；“常山”，页253；卷11“萹蓄”，页268。尽管由于陶氏囿于个人所处的地域和见识，对某些药物基原的考订未必完全正确，但从此书开始直到明代《本草纲目》，1000多年来，注重药物基原的考订，成为主流本草的首要内容。
唐代本草继承了陶弘景的传统，在搜罗散在药物文献知识的同时，把考订药物的正确种类作为主要内容。其代表作《新修本草》把解决药物“本土”（地道药物）、“采摘”、“名实”作为中心任务。该书孔志约序提到：
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