但李时珍和唐慎微不同的是，唐慎微《证类本草》增补资料虽多，却没有个人的考订意见，所以后人批评他“备录诸家异同，亦不能断其是非”。〔宋〕王继先等，《绍兴校定经史证类备急本草》（日本神谷克桢抄本，1836），序，页3。李时珍则不然，他认为“医者贵在格物”〔明〕李时珍，《本草纲目》，卷14，页839。，因此在药物分项中，设立“辨疑·订误”、“发明”等项，都是为了考订药物鉴别和使用的相关问题。他认为广采博收的同时，必须注意“立言以破惑”。一个最生动的例子是关于“人肉”的记载。“人肉”最早见于唐·陈藏器《本草拾遗》记载，谓可“治瘵疾”。此后有人把割股疗亲的习俗归咎于陈藏器。如宋·张杲《医说》批评陈藏器：“载人肉疗羸瘵，自此闾阎有病此者，多相效割股。”〔宋〕张杲，《医说》（上海：上海科学技术出版社，1984），卷4，页12。李时珍对此不以为然。他认为在陈藏器记载人肉疗瘵之前，就有人割股割肝，问题不在记载与否，关键是陈藏器没有“立言以破惑”〔明〕李时珍，《本草纲目》，卷52，页2968。。因此，李时珍虽然广采博收，但对荒诞之说，很注意批评谬误。如万历时盛行的红铅方，就遭到李时珍极为严厉的抨击。在《本草纲目》中，记载了李时珍大量的药论。他亲自观察药物的形态、习性，又精于临床用药，善于格物穷理，因此李时珍在《本草纲目》中，表述了大量的真知灼见。
李时珍《本草纲目》严密的“纲目”体系、大量的文献数据，以及李时珍个人众多精详考订，将该书推向了古代本草的巅峰。
《本草纲目》之后，明末、清代的本草发展倾向于临床药学，临床实用本草书兴起，再也没有出现能和《本草纲目》媲美的大型综合性本草。清·赵学敏《本草纲目拾遗》(1765—1803)10卷可以称之为《本草纲目》的续编。赵学敏也是一位医药大家，著述甚富。他在《本草纲目拾遗》的“正误”项下纠正《本草纲目》错误34条，且认为“人部”的药物“非云济世，实以启奸”，所以不取任何“人部”之药。该书拾遗的药物有正品716种，附品205种，总计921种。该书参引文献600余条，采访200余人，可见其收罗广博，不在李时珍之下。该书总结了清中期以前的药物。所收药物中，地方草药居多，且有许多少数民族用药及海外传入之品（如金鸡勒、日精油等），弥足珍贵。但因该书注重拾遗，不涉及《本草纲目》已有之药，故整体内容还是比较单薄。
另清代吴其浚(1789—1846)著《植物名实图考》38卷及《植物名实图考长编》22卷。《植物名实图考》收植物1714种（新增品519种陈重明，《吴其浚和〈植物名实图考〉》，《中华医史杂志》，10.2（北京，1980.11），页65—70。），附图精细，考订名实来源精详，堪称连接古代和现代植物学的桥梁。但吴氏之作毕竟为植物专著，故医药知识较少。
以上介绍了古代主流本草从小到大、从不完善到逐步完善的发展轨迹。古代主流本草典籍共同内容都是综合性的，能代表他们产生时代的药学水平，而且互相之间有密切的传承关系。了解这些主流本草文献的形成和发展，可以看出中国主流本草发展的主要脉络，也有利于顺利阅读这些古本草。
下面附一简图，以表示古代主流本草文献之间的传承关系。 |
