当《神农本草经》在诸多早期本草中独占鳌头之后，它就成为此后本草发展的核心。东汉末以后的主流本草文献，几乎都是围绕这个核心，不断进行扩充、增补、修正而成。这一过程，很像是珍珠的形成：最初是一个珍珠核（本文将《神农本草经》比喻成“本草珍珠核”），随着时间的增加，在它的外面不断包被新的珍珠质，最后形成一颗晶莹圆润的大珍珠。
古本草这颗“大珍珠”层层包裹的过程，层次非常清晰。展示历代古本草文献发展逐渐递进的历程，就可以了解本草发展的主流和各时期主要本草文献的特色，同时也就可以很容易地知道古代本草典籍的结构。
1.朱墨分书（第一层）
本草百家争鸣的时代（约战国末至西汉），书籍的形式主要是竹简、木牍或帛书，书籍的传播则全靠手抄笔录。图1-5《神农本草经》（辑本书影）即便是已经基本定型的书籍，在抄写过程中也很容易出现错误脱漏。抄写者也可能在抄写时夹带自己的注释、评论、发挥。《神农本草经》的早期抄传也不例外，因此几乎不可能有完全相同的两个传本（包括文字和药物的数目）。但由于《神农本草经》托名神农，又有“经”的地位，因此抄传者可能出于景仰崇敬，在增补内容时，采用了一种在当时堪称方便的区分办法：朱墨分书。用朱（红）、墨（黑）二色区别不同来源的文字，在三国时恐怕是一种很普遍的方式。三国时的董遇喜读《左氏传》，曾用朱墨二色批点该书（所谓“朱墨别异”〔刘宋〕裴松之注，《三国志·魏书·王肃传》（北京：中华书局，1959），卷13，页420。）。因此，《神农本草经》在此前后的多种传本也采用朱书《神农本草经》原文，墨书后人增补内容的方式，是当时的一种习惯或曰风气。从此本草文献的记录开始具有泾渭分明、本末不乱的传统。这墨笔补充的条文就是“本草珍珠核”外的第一层珍珠质。后世把墨书内容称之为名医所录，故又用《名医别录》来概括这部分内容。
尽管如此，在口传手抄的时代，社会上流传的《神农本草经》传本还是相当混乱。李当之、吴普等魏晋时的医药学家在抄传《神农本草经》时，每有增删订补。这样一来，就出现了多种面貌的《神农本草经》传本。有的传本载药595种，有的传本载药431（或作441）种，还有319种的传本。至于里面的分类、内容就更加混乱〔梁〕陶弘景，《本草经集注》（尚志钧等辑）（北京：人民卫生出版社，1994），卷1“序录”，页3。陶弘景：“魏、晋以来，吴普、李当之等，更复损益，或五百九十五，或四百卅一，或三百一十九。或三品混糅，冷热舛错，草石不分，虫兽无辨。”。所以尽管东汉以后《神农本草经》的主导地位已经确立，但社会上流传的此书传抄本并没有形成一个权威的定本，这就令使用者无所适从，难以发挥该书的药学核心作用。直到梁·陶弘景撰《本草经集注》，这种局面才有所改观。
2.《本草经集注》的规范整理（第二层） |
