清廷决定开战后，于1900年7月28日、8月11日分别将主和的许景澄、袁昶、徐用仪、立山和联元等五人处死。许景澄与袁昶同时入狱，“指定分系南北所，当在狱中分道时”，袁昶紧握许景澄的手问道：“人生百年，终须有一死，死本不足惜，所不解者，吾辈究何以致死耳？”许景澄笑答：“死后当知之，爽秋（袁昶字爽秋）何不达也。”（《庚子西狩丛谈》）行刑时，袁昶面带笑容对监刑的刑部侍郎、徐桐之子徐承煜说：“勉为之，吾待公于地下矣！”许景澄与家人话别时，“阳阳如平时，颜色不变”。对他们被处以极刑，主战的顽固派则认为死有余辜，徐桐说：“是死且有罪。”崇绮则说：“可以惩汉奸，令后无妄言者。” （李希圣：《庚子国变记》）
清廷决定向列强宣战后，即给北京义和团发放粳米两万石、银十万两，并命令清军与义和团一同攻打使馆区，义和团因而更加斗志昂扬。经过两个月的激烈战斗，中方终因武器落后而不敌八国联军，义和团所有的神功怪术在现代化的枪炮面前统统失灵，北京城于8月14日被攻破，第二天慈禧太后携光绪等向西仓皇出逃。就在八国联军血洗北京、残酷屠杀义和团团民之时，西逃途中的慈禧已开始与列强议和。为尽快与列强达成和议，清廷从9月7日起连续发谕，下令剿杀义和团：“此案初起，义和团实为肇祸之由，今欲拔本塞源，非痛加铲除不可。”经过清政府地方官的严剿，一些零星小股义和团也被最后扑灭。
义和团风暴过后，不仅团民成为八国联军捕杀的对象，为数不少的中国官员也为联军斩杀。
上图为日军在清政府巡捕的协助下，斩杀捕获的义和团民。
下图为英军在北京菜市口监斩清政府官员。
在这场“朝廷”几被推翻的没顶之灾中，处于风暴中心的文臣武将，其命运更加悲惨。据不完全统计，在兵败或京城为敌所破后自尽的有徐桐、崇绮、山东巡抚李秉衡、直隶总督裕禄、黑龙江将军寿山、庶吉士寿富、国子监祭酒王懿荣、翰林院编修王廷相、礼部侍郎景善、奉天府尹福裕、国子监祭酒熙元，等等。刚毅在与慈禧一同逃往西安的途中染病不治身亡。为了议和自保，清廷不得不屈从列强提出的“惩办祸首”的要求，多次发布上谕惩办祸首：庄亲王载勋被赐自尽，山西巡抚毓贤被即行正法，刚毅本应斩立决，因已病故免其置议，启秀、徐承煜即行正法，载漪、载澜被发往新疆，徐桐、李秉衡因已临难自尽故免其置议，左都御史英年被赐自尽，赵舒翘也被赐自尽。各级官绅遭惩处者达一百多人。
面对如此深灾巨祸，清廷不能不作个“交代”，在一道道上谕中，清廷竟把责任完全推给了“诸王大臣”：
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