翁同和返回原籍江苏常熟，直至1904年病逝。凡知道他的人，无不对其敬爱有加。中国曾为高官之人，一旦告老还乡，则不问国事，但求自己安乐。但翁同和却与这些人不同，即便回乡闲居，他也一直希望老佛爷去世之后自己能官复原职，继续帮助皇帝实施新政。返回原籍之后，翁同和乃地方官严加管束之人，给知县带来了不少烦恼。因为他每月要拜见知县三次，叩头说：“县老爷奉旨秘密看管我的言行，故特来县衙听候处分，以便大老爷奉行诏旨。”此时县官则极为窘迫，进退两难，因为世事难料，他不知道这位权重一时的大学士今后是否还会官复原职；而且翁家还是当地的名门望族，势力颇大。除了拜见县官之外，翁同和每日以文字为乐，其来往信件，也在此期间出版于世。这些书信反映出了翁同和行文作诗的出众才华，他的文章有些浅显易懂，有些哲理丰富，深受士人欣赏。尽管遭到罢官，朝廷却未动其家产，这使他足以富足地安度晚年，远比在京勤于国事舒适惬意得多。直至去世之后，翁同和的学识和爱国之情远播各地。
慈禧太后知道，皇帝改革变法，废除科举考试制度，使得举国士人怨声载道。于是，她下谕仍然恢复旧制，守旧之人争先为太后歌功颂德，显示了她收买人心的手段。原来科举考试时，所有试卷都是密封的，考官看不到考生信息，但新式考试却不是这样的，这引起了许多人的非议和反对。太后所下谕旨如下：
钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨，国家以四书文取士，原本先儒传注，阐发圣贤精义，二百年来，得人为盛。近来文风日陋，各省士子，往往抄袭雷同，毫无根底。此非时文之弊，乃典试诸臣不能厘正文体之弊，乃论者不揣其本，辄以所学非所用，归咎于立法之未善。殊不知试场献艺，不过为士子进身之阶，苟其人怀奇抱伟，虽沿用唐宋旧制，试以诗赋，亦未尝不可得人。设论说徒工，心术不正，虽日策以时务，亦适足长嚣竟之风。用特明白宣示：嗣后乡试、会试及岁考科考等，悉照旧制，仍以四书文试贴经文策问等项，分别考试。经济特科易滋流弊，并着即行停罢。朝廷于抡才大典，斟酌至再，不厌求祥。嗣后典试诸臣及应试士子，务当屏斥浮华，力崇正学，毋负朝廷作育人才之至意。至富强之术，固当讲求，惟必须地方官认真举办，方不至有名无实。所有农工商诸务，亟宜实力整顿，惟总局设在京城，文牍往还，事多隔膜，一切未能灵便。仍应责成各督抚在省设局，分门别类，详加考核，俾有实际。着直隶总督选派妥员，督率办理，以为各省之倡。京城现设之局，着即裁撤。
慈禧太后心思缜密，考虑问题总是全面周到。她希望举国上下，无论满汉官民，都能支持爱戴自己，同时也为了调整她一直深以为豪的党派平衡之术，便又下了一道谕旨。朝廷处死维新党人首领，慈禧总是担心会遭到世人非议，这道谕旨就表达了她的忧虑之情：
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