宋、杨二人还指责微臣鄙视西学。与皇上对奏之时，微臣多次指出，开矿建船、制造火器乃当务之急。请圣上明鉴。然而，总理衙门与外国人交涉之事越来越多，诸事处理越发困难。多做口舌之争也于事无补，臣才疏学浅，恳请皇上免去总理各国事务衙门之职，平息谗言。
许应竟然直言不讳地谴责康有为，皇帝看过其回奏之后心中不悦，但是，许应乃太后器重之人，光绪帝还不敢公然触怒太后，将其免职。两位御史及许应的奏折慈禧太后都阅览了，后者提出的康有为等人思想激进之语似乎给她敲响了警钟。自此之后，尽管慈禧并没有公开反对维新，但暗地里却时刻警惕康有为，深恐他教唆误导皇帝。她在等待时机将其除去，只要她发话，皇帝肯定会弃用康有为，对此她深信不疑。直隶总督荣禄到达天津赴任，原总督王文韶交接完毕之后返回京城，慈禧太后特别召见了他。王文韶非常赞同许应的看法，认为对于皇上颁布的一些新政措施应该慎重审议。光绪帝颁布诏谕，许应仍留原职，但同时告诫他，任礼部和总理衙门之首，应谨慎尽职。而许应觉得有太后保护自己，越发狂妄，对维新更加反对，又有同部满人尚书怀塔布（慈禧的表亲）的大力支持，他更加有恃无恐。
接着，光绪再下谕旨，命令重新整顿京师中的满族军队，并下令各省以京师大学堂为例，广开学堂，研习西学。
有一名叫文悌的御史上奏，弹劾同僚宋伯鲁、杨深秀二人怀有私心，嫉妒许应位高权重，所以上疏欺君罔上，离间皇上与太后。光绪帝大怒，立即革去文悌御史之职，称其妄言乱政，挑动党争。文悌便求怀塔布去颐和园向太后求救，但慈禧却不为所动，因为此时她还没有充足的理由责备皇帝，同时她也打算放任新党恣意妄为，然后等待良机一举将其除去。不过，慈禧也不是无所作为，她将其亲信裕禄安插进军机处，由他每日汇报大内之事。裕禄乃彻头彻尾的保守分子，他连结刚毅，极尽所能反对维新。1900年，裕禄担任直隶总督，协助刚毅大肆屠杀外国人，同时他也是义和拳党首领之一。当时军机处有刚毅、王文韶、裕禄这三名守旧之臣，无论皇帝颁布怎样的维新谕旨，三人都从中阻挠，变革几乎成了一纸空文。但是，他们若想与光绪帝抗衡，首先必须赢得慈禧太后的支持，还要联合荣禄。
就在此时，光绪帝先是责备一位御史奏折中有个错字①，然而一周后，皇帝又颁布一道谕旨（显然是受到了康有为的影响），谕旨下令，以后殿试朝考中不再考试书法写字一科，“在朝廷某个部门中，行文整齐流畅乃必备之品，但以后只在誊抄员等特殊考试参看此项，其余概无大碍”。
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