事实上，朝廷深受李鸿章恫吓，凡事都觉得他言之有理；而军机大臣也多为其党羽，事事偏袒，姑息调停，害怕李鸿章反叛。因此，军机们竭尽全力在圣上面前替李鸿章说好话，而不知道其实他早有不臣之心，非不愿反，而不能反。他所率领的淮军将领皆庸碌之人，毫无军事才干；而士卒则屡被克扣军饷，离心离德。今日天津招募的新军人数虽少，但对付李鸿章之淮军则绰绰有余，因此他无力反叛。如果能反，他早就反了。无奈之下，李鸿章转而要挟朝廷，违抗谕旨。他根本不把太后皇上放在眼里，故而才以雾气之说戏弄侮辱圣上。
臣深感奇耻大辱，惟愿圣上赫然震怒，将李鸿章之倒行逆施公诸天下，明正典刑。倘若如此，我军将士定会群情激愤，一举将倭寇平定。倘若有错，请斩微臣首级以谢天下。列祖列宗在上，可为我证。臣对此事甚有把握，将一片赤诚之心献于圣上，请皇上定夺。
对于这份直言不讳的奏折，光绪帝发布了下面的圣谕，明眼人一看便知是慈禧太后之意。仅仅凭借批评李莲英一条，慈禧就不会袖手旁观；况且她当时密切注意皇帝的一举一动，时常披阅奏章。
近因时事多艰，凡遇言官论奏，无不虚衷容纳，即或措词失当，亦不加以谴责。其有军国紧要事件，必仰承皇太后懿训遵行。此皆朕恪恭求治之心，天下臣民，早应共谅。乃本日御史安维峻呈进封奏，托诸传言，竟有皇太后遇事牵制，何以对祖宗天下之语，肆口妄言，毫无忌惮，若不严行惩办，恐开离间之端。安维峻着即革职，发往军台，效力赎罪，以示儆戒，原折着掷远。
慈禧对于清朝大败于日本深以为耻。中国士大夫经常提到，日本的文化艺术最初乃承袭于中国。因此，太后不惜一切代价希望能避免日本再次入侵，占领满洲三省。李鸿章一再向慈禧保证，俄国和欧洲联盟不会允许日本再染指东三省，于是太后便同意签署和平协议。如前所述，对于恼怒的满族亲贵或言词猛烈的南方人士指责李鸿章之语，慈禧不想让他代为受过，因为她知道李鸿章处境困难，而且她也深知甲午战争不全在李鸿章之过。如果没有与日本开战，慈禧六十大寿的盛大庆典将会如期举行，那么太后之名将永垂青史。然而，开战以后，她却被迫取消大典，着实懊恼不已。于是，她所有的怒气便都发泄在光绪皇帝身上，怪他不经自己同意便擅自向日本宣战。正是从此时开始，慈禧太后与光绪帝之间开始出现不和，后来愈演愈烈，最终导致了1898年的戊戌政变。二人之间的矛盾也将皇宫分为两大敌对阵营，这种形势一直持续到他们相继去世才算结束。据知晓内情者说，也正是从该时期开始，随着光绪帝维新之意日趋明显，他与隆裕皇后的关系每况愈下。1894年至1896年这两年中，光绪帝对姨母慈禧的态度并未发生明显变化，表面上对她仍是毕恭毕敬。至1896年光绪帝的生母（慈禧之妹）去世，他与皇太后之间亲情的最后联系人及惟一的调停人已去，此后则变故频生。
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