上文已经提到，两宫西巡回銮（1902年）之后，李莲英对慈禧太后的影响比以前更大，宫中一切事务皆由他管理。另外，他也随着太后转而公开表示支持改革。对于预备颁布的宪法修正案，李莲英也欣然附和。他常跟慈禧太后开玩笑，预言她定会皈依基督教，他说：“老佛爷，我们现在也是假洋鬼子了。”
然而，尽管年事已高，身体孱弱，但他一向执著地护卫自己职业的特权，千方百计阻止废除宦官制度。1901年，两广总督陶模上奏，称由于后宫妃嫔数量减少，应以宫女代替太监。李莲英见此奏折，先匿不上报慈禧，直到劝说太后表示不同意此奏才呈上。陶模这道有名的奏折内容如下：
国家昌盛依靠明君。君王亲近君子，国家获益；君主亲近小人，必致叛乱。若一人除处理宫廷之事，还要负责国家各种大事，尽管其地位尊要，但责任重大，非一人所能承担。即使君王身侧辅有正直臣子，也仍时有犹疑不决，恐有疏漏。若君王百姓之间有卑劣小人阻碍，国家怎能不危？这些小人未必是大奸大恶之徒，但他们不读经史，不知道理，只知逢迎主上。此等人朝夕陪伴君侧，岂不毁之于无形？大臣即便有恶者，不能如此亲近君主。日近太监，君主必失其德；亲信小人，君主必离百姓。
若要断绝宦官流毒，需如剔除田间稗草。留其根芽，恐其复活，故需斩草除根。皇上正值春秋，全心实施新政之际，身边却终日由此等小人陪伴，岂不烦恼？前朝起用太监，因为宫中妃嫔众多。我朝后宫减少，可使宫女服侍；宫内各项差使可用士人，不必定用太监。
现今，西安行宫太监众多，乃削减之良机，仅留二三十忠心之人即可。待两宫回銮，应下令今后不再充召太监，宫内旧制需彻底改变。由此，宦官制度这一千年陋习即可废除，而太后皇上美名则可流芳百世。
如今，改革乃大势所趋，太后皇上也已收到臣工的无数建议。然而，依微臣之见，尽管宦官制度表面看来不是大事，实际却是重中之重，改革成败就系于宦官制度废除与否。其他所有国家均已废止此项制度，惟有中国依旧，这使我大清蒙受许多批评与指责。只有废除宦官制度，我们才能赢得文明国家的尊敬。作为一名外臣，臣本不应妄言宫内之事，然而，在此事关紧要之时，谨呈微言一二，以报圣主龙恩。
自此以后，有许多大臣上奏痛陈太监之害，时时风闻宦官制度即将废除，但太监的权力却依然如故，像陶模这般正直无畏的官员毕竟是少数。表面上朝廷出台了许多新政措施，但真正为人民谋福利的措施却漫漫无期。旧制根基深厚，加之反对势力强大，内地报纸起初还笔锋锐利，但此时则被官吏压制；此前痛斥太监等制度弊端之言也早已销声匿迹。
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