但是这座作为洪武、建文、永乐三朝的明初皇宫，最终还是走向毁灭。朱棣迁都北京后，南京降为留都，由皇族和大臣驻守，以保证南京也有个形式上的朝廷。但南京宫殿渐趋冷落，数百年间，南京明故宫屡遭损坏。明英宗正统十四年(1449年)夏六月天降雷雨，谨身殿、华盖殿等被雷电击中起火后烧毁。明宪宗成化二十一年(1485年)五月，南京刮飓风，太庙的树被连根拔起，太庙大祀殿和皇城各门兽吻被毁。明世宗嘉靖元年(1522年)七月，南京下暴雨，江水泛滥，整个南京城及皇城都受到不同程度的损坏。公元1644年，李自成攻陷北京，崇祯帝的弟弟朱由崧逃往南京，在南京建立南明小朝延，这时明故宫已相当破败，朱由崧只能在武英殿“登基”了，因为三大殿已荡然无存。
清军平定江南以后，清政府将明故宫改为八旗兵驻防城，明故宫建筑遭到很大破坏。公元1684年，康熙皇帝首次南巡，到达江宁(南京)，见到残破不堪的明故宫大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶!”，可见此时的明故宫已经没有一座完整的建筑了。康熙三十八年(1699年)，经康熙批准，又拆迁了南京明故宫宫殿琉璃瓦、九龙藻井、丹陛等物发往浙江普陀山法雨寺建成九龙大殿，目前法雨寺中还保留了原本为明故宫的丹陛、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件。太平天国战争期间，明故宫又经受了一次较大的破坏，除了地下埋藏的石构件以外，只剩下一片残残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟了。1911年，英国人法雷斯又从明故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。
到了1929年，为了迎接孙中山先生灵柩安葬中山陵，当时的民国政府新建了中山东路和逸仙桥，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分(目前南部为白下区管辖，北部为玄武区管辖)，这时的明故宫遗址仅存午门与地下柱础等少量的遗迹了。原国民政府主席林森，好古玩，对明故宫和明孝陵的建筑遗址钟爱有加。1932年，他修建自己的别墅“桂林石屋”时，竟然从明故宫遗址上“调用”了一批精美石雕装饰在石屋前。 |
