胡祖六出生在湖南。在他看来，湖南近代有很多仁人智士，一直想寻求救国救民之道，“前仆后继吧，不只是从太平天国到洋务运动，再到辛亥革命到共产主义革命，有很多这种仁人智士，都是想为国家为这个民族的富强能够做一份贡献。”
胡祖六的话听起来当然非常理想主义，而实际上他还有非常强的使命感。17岁时，中国恢复高考，胡祖六考入清华大学，随后在清华获得了工科硕士。而他本人则一直对经济管理比较感兴趣，总想通过学习经济管理报富国之志。机会的来到是在80年代中期，当时有几个公派留学生名额，去美国哈佛大学学习宏观经济，胡祖六在激烈的竞争中脱颖而出，成为哈佛学子。
在哈佛学经济，最难的第一件事是语言。胡祖六在清华上的还是英文快班，但因为他学的是工科英语，而经济学对英语的要求特别高，不仅专业性强，而且要求非常能言善辩。“毕竟因为我是比较早出国的，因为那时候中国是刚刚开放，跟外面接触还是比较少，尤其听这种以英语做为母语的人的交流，还是非常有限，所以到美国第一个困难就是语言的障碍，不是读不是写，我读写都没困难，但是跟人之间争辨讨论问题的时候发现立不从心，即使你有非常好的主意或思想，但是你总觉得语言上有很大的障碍，这是一个很大的困难。”勤奋是克服语言障碍的唯一法宝。胡祖六回忆说几乎每天晚上都是学习到两、三点才睡觉。可以想象，怀揣着梦想的胡祖六在异国他乡付出了多大的努力。
而实际上，胡祖六感到困惑的还有中西方不同的文化氛围，他惊讶地发现自己几乎完全没有市场的概念。“因为我的成长的经历基本上都是计划经济时代，80年代去美国，那时候中国的市场还是非常不成熟，非常陌生的，中国没有股票市场，也没有证券市场，很多这种对人家日常生活的一部分对我们是一个新兴的事物，所以学西方经济学，很多这种感性的认识和经验并没有。”
在别人看来似乎有点枯燥的经济学，胡祖六却觉得很有意思，仿佛大而无当，却是和每一个人的日常生活密切相关，汇率和利率的计算也非常有趣。哈佛五年的岁月给胡祖六打下了非常深的烙印，“我今天还是记忆犹新，我原来学理工，后来学习现代经济学，应该说给我打下了非常扎实的功底和基础，尤其是我学到了很多现代经济学的一些分析方法，包括研究的方法和思维的方式，那么在我今天接触很多各种各样的经济问题，我们就有一种比较严谨的分析方法，这点是让我受益无穷的。”
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