十七世纪的边疆，摆在康熙面前的，除了东北沙俄的入侵问题，还有西北准噶尔部噶尔丹民族分裂势力的叛乱问题。
从全球角度看，噶尔丹之乱是沙俄等外国侵略扩张势力蚕食中国领土的组成部分——噶尔丹正是受到了沙俄侵略扩张势力的支援而肆无忌惮；从中国角度看，东北、西北北部，都是边疆，都涉及北方民族，都有一个如何平定、如何实现有效管理的问题。
康熙是龙，武装平叛，势在必行。
康熙与他的民族又是凤——北方少数民族中的一员，这使得他的平叛，他对边疆民族问题的解决与处理，放射出独特的光彩。
准噶尔是漠西厄鲁特蒙古四部之一（按：清初蒙古族分为外藩蒙古、喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古。外藩蒙古即漠南蒙古，又称内札萨克蒙古、内蒙；喀尔喀蒙古即漠北蒙古，又称外札萨克蒙古、外蒙；厄鲁特蒙古即漠西蒙古），游牧在巴尔喀什湖以东以南、伊犁河流域。
康熙九年（1677年），准噶尔内部纷争，首领僧格被刺，僧格同母弟、自幼在西藏当喇嘛的噶尔丹闻讯即刻赶回，以为兄报仇为名，组织僧格旧部，并从和硕特部（亦为厄鲁特蒙古四部之一）岳父鄂尔齐图车臣汗那里借兵，驱除了僧格的敌人；接着，转过身来杀掉僧格之子索诺木阿拉布坦，囚禁叔父楚虎尔乌巴什，夺取了准噶尔部统治权。
康熙十六年，噶尔丹恩将仇报，出兵进攻原为厄鲁特蒙古四部之首的和硕特部，在斋桑湖击败了和硕特军队主力，擒获了岳父鄂尔齐图车臣汗，并凶残地下令割断他的喉咙，自称“博硕克图汗”，胁迫整个厄鲁特蒙古听其号令。
康熙十七年，噶尔丹乘天山南路叶尔羌等回部（维吾尔族居住区）伊斯兰教内部黑山、白山教派之争，进侵南疆，尽擒原统治该地的元蒙察哈台诸汗，将他们迁至天山以北，使“回部及哈萨克皆为其属”。同时，噶尔丹还侵占了哈密和吐鲁番，控制了河西走廊西部。
噶尔丹已成为西北一支强大的割据势力。
康熙并不干涉准噶尔内部事务，噶尔丹夺取准噶尔统治权，康熙如噶尔丹所请，准其依兄僧格旧例，“照常遣使进贡”，等于承认准噶尔既成事实。
康熙却明确反对准噶尔噶尔丹攻掠其他各部，居于其他各部之上。噶尔丹灭和硕特部后，作为一种试探，曾向朝廷进献所获和硕特部弓矢等物，康熙以“朕心不忍”，“却其所献俘获”，并限制准噶尔入贡人数，与其他各部等同。
在噶尔丹“恃其强盛”，“四出剽掠”，野心膨胀，加紧与沙俄勾结，妄图吞并喀尔喀蒙古之际，康熙一再争取和平解决各族各部的争端。
康熙二十二年，康熙特派内大臣奇塔特，前往准噶尔宣抚颁赐噶尔丹，谕其同各部和睦相处。
康熙二十四年，在深知噶尔丹无力处置该部逃来边地之人的前提下，一再限期噶尔丹自行“收取”，过期则由朝廷“另行裁度”。四月到期，康熙方谕大学士，逃来边地的鄂尔齐图汗（噶尔丹岳父，已被噶尔丹所杀）之孙、之侄，楚虎尔乌巴什（噶尔丹之叔，被噶尔丹所囚）之孙等，“违离彼土，向化而来，宜加爱养”，应赐其牧地，“赐之封号，给以金印册，用昭示朕继绝废举之至意”，勉励他们“相与辑睦，善自安业”，使他们成为向心朝廷、抵御噶尔丹的重要力量，噶尔丹无话可说。
康熙二十五年，康熙为使噶尔丹“招降喀尔喀蒙古右翼、消灭喀尔喀蒙古左翼”的阴谋不能得逞，特派理藩院尚书阿喇尼等邀达赖喇嘛往喀尔喀蒙古主持两翼会盟，宣誓尽释前怨，永远和协。
康熙二十六年，噶尔丹率军三万越过杭爱山，攻占喀尔喀蒙古札萨克图部。康熙二十七年七月，噶尔丹向喀尔喀蒙古发动了全面进攻。康熙仍然希望通过调停，和平解决，他提出在清官方主持下，邀请达赖喇嘛的代表参加，使噶尔丹与喀尔喀蒙古和谈，土谢图汗谢罪，噶尔丹撤兵，归还喀尔喀蒙古土地人民。
然而这一切努力均无效果，噶尔丹一意孤行，继续南犯，于鄂罗会诺尔击溃了土谢图汗主力。土谢图汗与喀尔喀蒙古宗教领袖哲卜尊丹巴，率残余人众内附清廷，请求保护。康熙当即谕令优纳，并于二十八年敕谕噶尔丹：
今喀尔喀为尔所败，其汗等率举国之人前来归朕。朕统御天下，来归之人朕不收抚，谁收抚？朕已妥为安插，赈之米粮，复其汗位爵号等。朕兴灭继绝之念不光对于喀尔喀蒙古，
诸国有穷迫来归者，朕一体抚养。战争并非美事，辗转报复，将无穷尽，仇敌愈多，宁保其常胜乎？是以朕欲尔等尽释前仇，互市交易，安居辑睦，永息战争。
康熙二十九年，噶尔丹倚仗沙俄的支援，借口追击喀尔喀蒙古，举兵南下，深入内蒙，大肆杀戮劫掠人畜物资。清朝理藩院尚书阿喇尼激愤之下违令轻战，在乌尔会河失利。
噶尔丹投靠沙俄，倚仗沙俄支援，并非是一种推论。康熙十三年至二十二年，他每年均派使臣赴俄勾结，“企图同俄国订立军事同盟和求得俄国给予‘军队和枪炮’的援助”。俄使戈洛文日记供认：“博硕克图汗（噶尔丹）是根据陛下（沙皇）的谕旨发动战事的。有大批俄国军队，并有大量火器、大炮协同他作战。”康熙二十九年戈洛文给噶尔丹的信中也透露：“你曾集结所部全体官兵武装进攻（喀尔喀蒙古），而我至尊的大君主沙皇陛下方面也曾发动同样的武装进攻。许多蒙古领主被随从全权大使的官兵击溃，另一些被生擒。”
噶尔丹气焰愈益嚣张，逼近乌兰布通，距北京仅七百里。城内人心摇动，米价暴涨至三两余银。康熙迅速调兵遣将，部署围歼噶尔丹、平定准噶尔部叛乱的又一次功垂史册的伟大战役。
左翼，皇兄裕亲王福全任抚远大将军，率军出古北口；右翼，皇弟恭亲王常宁为安远大将军，率军出喜峰口。意在分进合围，两路包抄。康熙本人原已出京，拟于前线近地指挥。但因突发感冒，高烧一夜，不得已“暂且回銮”。康熙此次虽未亲征，他的军事方略却十分明确，他为出征将士送行时所赋豪壮诗句，却始终在将士胸中激荡，如同催促热血男儿为国为民建业立功、奋勇杀敌的冲锋号角：
获丑宁遗类，筹边重此行。
据鞍军令肃，横槊凯书成。
烟火疆隅堠，牛羊塞上耕。
遐荒安一体，归奏慰予情。
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