段看出袁的野心，袁的登基大典，段告病在家没去参加，在公馆里对自己的亲信徐树铮慨叹：“项城作孽啊！”有人劝段祺瑞说，袁最为器重你，你却在帝制问题上顶撞他，总统、皇帝还不是一回事，何必太认真？段祺瑞却皱着眉反对说，项城做了皇帝，见他就得磕头，话也得跪着说。我最恨这种长子变矮子的把戏。恢复帝制，必将弄出大乱子来！如果真心为总统好，就应直言相劝，切不可推波助澜。
袁世凯的帝制不得人心，刚一出台就撑不住了，蔡锷将军振臂一呼，一场反袁的风暴平地而起，北洋军已经尾大不掉不可依恃，不听调度，无奈之下，袁世凯只得请段祺瑞重新出山。段是小站旧人，北洋元老，在军中的关系盘根错节，况且很多将领和部众都听命于他。
袁世凯重新启用段祺瑞，徐树铮奋袂而起，认为取袁而代之的时机到了。以蔡锷之护国军压迫洪宪帝制，以倒袁下台为条件，左右其手，乘时而起。
而段祺瑞认为袁对他有知遇之恩、提携之恩，在袁世凯死后，为了表示和洪宪帝制毫无瓜葛，徐树铮也建议对袁进行抄家，这是一种政治姿态，但是段提笔，签署了关于袁世凯丧葬的通令，一切按国葬标准，全国下半旗志哀，并以总理身份主祭，大葬那天，他还下令所有内阁成员执绋，鸣礼炮响，并派出马步兵护灵。段祺瑞这样做，自然遭来了全国一片骂声。
袁世凯下台，名义上的共和重新确立。段祺瑞也就势登上了权力顶峰——出任国务总理，并逐步接管了中央政府的全部军政大权。
袁世凯就任大总统后，即任命冯国璋为直隶都督，驻守天津。次年，国民党人发动了“二次革命”，冯国璋又奉命率第二军南下讨伐，7月23日出发，8月16日已打到浦口，这时隔江相抗的国民党将领陈之骥正是他的女婿，马上过江投诚。南京方面闻讯大乱，他于是在25日渡江猛扑下关，和张勋一起，于9月2日攻陷南京。这一段战事，史称“赣宁之役”。 |
