莫理循与袁世凯的关系密切，在袁世凯被罢官回乡时，莫理循在报道中表示不平，这使得袁世凯大为感激，并在新政府中重用莫理循。后来清王朝被迫起用袁世凯，莫理循通过《泰晤士报》成为新闻界的舆论导向，他宣称中国有能力建立自己的共和国，而建立这个国家的最佳人选非袁世凯莫属。同时，他游说革命党人和日本外交官，希望他们支持袁世凯为总统，并为袁定都北京出谋划策。《北京的莫理循》一书中记载。袁世凯在当上中华民国临时大总统后，亲自对英国驻华公使朱尔典和莫理循表示，是他们二人帮助他成为总统。莫理循也因此极受袁赏识，成为中华民国的首位政治顾问。
袁世凯对莫理循关怀备至。尤其表现在生活中，袁把自己亲笔签名的照片送给莫理循而莫理循的长子生日，袁重礼道贺，莫的母亲和妹妹来华，袁亲自接待宴请，临行时赠送名贵衣料。这些举动令莫理循极为感动，但莫氏对袁世凯并不丧失原则地一味逢迎，相反，他常常讲些逆耳之言。莫理循说，他提出的意见并不高明，但至少对总统说了真话。
莫理循对袁世凯提出过许多极有见地的建议，包括如何通过各项改革树立权威，以及对外宣传，甚至劝诫袁世凯不要取消孙中山建立铁路总公司。
最值得一提的是，莫理循作政治顾问时对中国影响最大的作为，当数披露日本灭亡中国的《二十一条》。莫理循发挥了不可忽视的影响，正是他通过端纳向《泰晤士报》泄露了《二十一条》的内容，引起国际舆论的注意，使日本有所顾忌，从而有所收敛。
刺杀宋教仁
在民国时期的历史里，没有任何一个人能比宋教仁的惨案更让国民震惊和悲痛，也没有任何一个政治人物的死引起举国上下强烈的震撼，也没有任何一个谋杀案像宋案一样，对历史产生了如此重大的影响。宋教仁的好友谭人凤说过：“国民党中人物，袁之最忌者惟宋教仁。”面对最具威胁力的政敌，袁世凯开始打算收为己用，在被拒绝之后就打算除之而后快。
宋教仁接到袁世凯邀其北上共商国是的急电，决定即刻赴京。有人嘱咐他小心以防不测，但宋教仁坦言：“无妨，此行统一全局，调和南北，堂堂正正，何足畏惧，国家之事虽险，也当全力赴之。”3月20日，宋教仁在黄兴、廖仲恺、于右任、陈其美等友人陪同下来到上海车站，突然枪声响起，宋教仁倒下了……当时在日本的孙中山得知宋教仁遇害，悲愤欲绝，撰联挽曰：“作民权保障，谁为后死者；为宪政流血，公真第一人。” |
