8月，吴佩孚令杨森为前敌总指挥，王汝栋、赵荣华为援川军正副总司令，率领第十六师、第七师和第八师的两个混成旅，大举反攻四川，同时，还令滇军袁祖铭率五个混成旅进兵川东，前四川督军刘存厚由陕南进兵川北，援助杨森作战。杨森率部由利川偷渡磨刀溪、箭竹溪袭取万县，守军第一军第六师独立旅倒戈投降。随后，他串连川军将领刘存厚、陈遐龄、邓锡侯、田颂尧、刘文辉等联衔通电讨伐熊克武。第一军为保成都，便从重庆撤出，他又兵不血刃占领了重庆。接着，他挥部直趋简阳，企图越过龙泉山夺取成都，但遭赖心辉部及第一军的夹击，被迫退至隆昌、泸州一线，双方依山相峙。
熊克武见杨森势力越来越大，便求援于滇军总司令唐继尧。唐为控制四川，以实现其“西南王”之目的，便派胡若愚率16个团经贵州入川。这样，战局为之大变，杨森率部退出重庆。吴佩孚见四川战事成胶着状态，又给杨森增拨枪弹、军饷，同时委派刘湘为四川善后督办，统驭反熊克武的各路川军，协同杨森反攻。杨部再次夺取重庆，并乘势进击三台，继克成都，将熊克武等逐至川南。杨森占领成都后，便以第二军军长名义兼摄民政，操纵军政大权，成为直系军阀吴佩孚控制四川的代理人之一。
1924年5月，北洋政府任命杨森为四川军务督办(相当督军)。他为了巩固和发展自己的势力，加紧扩军备战，开办四川陆军讲武堂，大力培训下级军官；委派王兆奎兼任四川省团务督办，训练所控制的地方武装；建立兵工厂，日夜赶造枪支弹药。他还以武力夺取了自流井盐税，每年可收税918万至1398万元，增加了军费来源。正当杨森的势力日益强大的时候，吴佩孚在与奉、皖军阀相争中垮台。临时摄政的段祺瑞惟恐杨森坐大不好统驭，便电令其交出自流井盐税，他根本不予理睬，并立即在督署召开“出征”大会，向军官许愿：“统一四川后，提高官兵待遇，参加作战者一律升官。”即日分兵五路，向其他驻川部队进攻，仅用两个月的时间，就占领了72个县，其军队也扩充到19个师又12个混成旅。
段祺瑞见杨森咄咄逼人，便于1925年5月明令免去他的四川军务督办职务，调往北京署理总参谋长，以刘湘取代其军务督办之职。杨森知道，一旦脱离自己的势力范围，兵权旁落，便会受制于人，于是不肯离川，在成都遥领参谋总长职。
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