1531年，德意志新教诸侯组成反对皇帝和天主教诸侯的士马卡尔登联盟，虽然当时的德皇查理五世因忙于对法战争，无暇顾及该联盟的存在，但天主教会还是用各种方式试图制止新教的传播，如1545年他们召开了一次宗教会议以抵抗新教的传播。当查理五世于1546年回国的时候，士马卡尔登联盟因分裂而影响不断减小，次年，查理五世趁此有利时机战胜新教诸侯，联盟土崩瓦解。1550年，查理五世颁布“血腥诏令”，严禁宗教改革宣传，同时镇压再洗礼派（16世纪欧洲宗教改革运动中的激进派或左派，该派最突出的特点在于主张惟成年受洗方为有效）。但是，德皇皇权的增长也引起了教皇和天主教诸侯的不安，在这场博弈中，教皇和天主教诸侯组成了反德皇同盟，新教中的路德宗等宗派紧跟其后。1555年，战败的查理五世被迫签订了《奥格斯堡和约》，承认路德宗为合法新教派，并根据“教随国定”原则，承认各国诸侯有权选择新教为其国教，于是新教正式成为合法的教派了。
在进行战争的同时，天主教的其他人员也没闲着，他们忙着修改教义等各项工作。毕竟，经过多年的残酷统治，天主教的名声现在不是太好。1563年，召开了18年的会议终于将天主教的信仰原则重新加以定义，并同“因信称义”学说划清界限；教皇、主教和神甫重新成为上帝的仆人而不再是争权夺利的贵族，他们应更多地关注信徒，特别是关注穷人。这场史称“反宗教改革”的改革很快让很多人重新回到了天主教会。不过还是有不少人对天主教徒的行为不满，1616年，有人对英国牧师特里说：“基督教是魔鬼的宗教；基督教徒时常酗酒；基督教徒时常干坏事；基督教徒时常打人；基督教徒时常辱骂别人。”
尽管天主教的教义现在“亲民”成分多了一些，很多人也回到了天主教会，新教也成了合法的宗教，但天主教与新教之间还远远没有达到和解的地步，它们之间还是经常性地进行战争。1572年8月24日法国的巴托罗缪之夜成了惨剧的顶峰。天主教的狂热分子在这个暗夜屠杀了大约2万名新教信徒。但即使如此，新教也不可能长期受到压制。1596年，波兰宣布东正教与天主教合并，为天主教在新教与东正教的结合部打下了一个楔子。在1598年的“南特敕令”中，法国新教教派有了和其他教派在国内活动的平等权利。
17世纪初期，欧洲的新教与天主教的矛盾不断扩大，如捷克人以新教为武器反对神圣罗马帝国对自身的统治，同时帝国的其他诸侯国也希图摆脱帝国和天主教的统治。在捷克起义成功后，人民立新教同盟的首领为新国王，于是暴怒的罗马教皇和天主教同盟要求神圣罗马帝国政府镇压起义，它们向当时最为强大的西班牙求助。在新教同盟这一边，为了摆脱罗马天主教廷的控制，欧洲各诸侯国也纷纷参与进来，西欧、中欧和北欧的国家几乎全部参战，1618年，“三十年战争”爆发。战争的目的开始时还是为了捍卫宗教信仰，但当胜利的皇家天主教大军把教会财产划归帝国时，当地信仰天主教的公侯一起起来反对皇帝——他们不希望皇帝过于强大。对这些天主教诸侯来说，权力比信仰更为重要。
当欧洲各国都卷入战争时，权力问题已经居于首位，这不单单对天主教诸侯来说是这样，世俗政权同样如此。瑞典国王古斯塔夫·阿道夫率领军队为新教而战，特别想把北德从天主教手中夺回来，以保障瑞典在波罗的海地区的主导地位——信奉天主教的法国却支持了他，战争早已不再是为了宗教。法国所希望的是取代已经四分五裂、在战争中大大削弱了实力的德国在欧洲的领导权，最终它达到了这个目的。
“三十年战争”结束后，1648年10月，两大同盟达成《威斯特法利亚和约》，确认了1555年的《奥格斯堡和约》，并在一点上做了重要补充：臣民们不再有义务接受上层的宗教信仰。德意志各天主教诸侯的权势通过这个和约得到加强，皇帝的力量相应削弱。瑞士和尼德兰变成了独立的国家……
1800年前后，在世界上那些已被西方文明所统治的地区内，天主教与新教基本上是平分秋色了。 |
