在阿尔基比阿德斯的帮助下，雅典人完全陷于了被动。雅典城被斯巴达人封锁以后，疫病流行、饥荒严重，2万多名奴隶乘机逃到斯巴达。而在西西里岛上，在斯巴达人的援助下，即将被雅典人攻破的叙拉古城守住了，雅典的海军被打败了，历史学家修昔底德对这次战争的描述时这样的：雅典的“舰队和军队统统从地球表面消失掉，什么也未能保全下来”，4万多名雅典陆军战士也陷入绝境。所有的通道都被叙拉古人封锁了，东面有轻甲兵设下的埋伏，西边有骑兵的阻击，雅典人一天只能行军7千米。作为这种艰难行军的回报，雅典士兵有了“风声鹤唳，草木皆兵”的切身感受。
屋漏偏逢连夜雨，船迟又遇顶头风，不久拉马科斯阵亡，军队由尼基阿斯一人指挥。在这种情况下，尼基阿斯萌生退意，然而在此时刻竟然出现了月食，在占卜师的建议下，尼基阿斯决定27天后退兵。在等待之中，斯巴达和科林斯援军向百无聊赖的雅典军队发起了猛烈的进攻。公元前413年9月，尼基阿斯战死，雅典军队全军覆没，损失战船200艘，被俘7000人，从此失去海上优势。
为了挽回颓势，雅典邦国动用其全部财力重组舰队，并于公元前412年和公元前411年先后在阿拜多斯、基齐库斯打败斯巴达舰队。然而，希腊的宿敌波斯在关键时刻帮了斯巴达的大忙，斯巴达很快就恢复了元气，他们于公元前405年在赫勒斯滂海峡（今达达尼尔海峡）附近之羊河口重创雅典海军，继而从海陆两面包围雅典，迫使其于公元前404年4月投降，接受屈辱和约。该和约规定，雅典宣布解散提洛同盟而加入伯罗奔尼撒同盟；拆毁从雅典城到出海口的长墙工事；撤除所有海军并只允许保留12艘船只。长达27年的伯罗奔尼撒战争结束了，斯巴达人取得了希腊霸权。
伯罗奔尼撒战争在古代军事史上占有重要地位，双方斗智斗勇，较量涵盖了政治、经济、军事和文化，谋略的运用可以和中国战国时代媲美。两大同盟对海陆通路的争夺，对敌方的封锁和侵入都达到了很大规模；夺取要塞创造了许多新方法如使用水淹、火烧和挖掘地道等；方阵虽还是战斗队形的基础，但步兵能以密集队形和散开队形在起伏地伺机行动；职业军人开始出现，等等。这些对希腊以及西欧军事都产生了深远影响。
雅典在这场战争中战败了，虽然后来还有一些英勇的试图复兴的努力，但雅典还是无可挽回地衰落了，曾经让世人昂首仰视的雅典民主制度衰亡了，雅典的精神逐渐凝结成了历史。而这也可以说是整个希腊世界的衰落，是希腊人所无比珍视的城邦制度和生活方式的衰落；甚至还可以说是人类精神和道德的一次滑入波谷，是人性旋律的一次趋于低沉。
战争给古希腊带来了前所未有的破坏，战火烧遍了几乎整个希腊世界，不仅各城邦之间互相进行战争，许多城邦内部也发生了内乱，持续时间还相当漫长。在战争中，众多手工业者破产，不少城邦丧失了大批劳动力，工商业停滞倒闭。中小奴隶制经济逐渐被吞没，大量财富集中在大奴隶主、大土地所有者、投机商人和高利贷者手中。贫民过着衣不蔽体、食不果腹的生活，因而不满富人和豪强的统治，城邦的统治基础动摇了。因此，在很多城邦都曾先后发生过贫民起义，风起云涌的起义打击了奴隶主的统治，进一步加速了希腊城邦的衰落。伯罗奔尼撒战争不仅结束了雅典的霸权，而且使整个希腊奴隶制城邦制度逐渐退出了历史舞台。
伯罗奔尼撒战争使斯巴达称霸于全希腊，其寡头政治得以推行，各城邦国家民主势力遭到迫害；寡头式的蛮横统治又引起各城邦的强烈不满，各地起义不断，伯罗奔尼撒同盟渐趋瓦解。公元前3世纪前半期，希腊境内战火连绵不绝，在战争中，各邦力量被无限地消耗，后来终于被早已对其觊觎的外敌马其顿消灭。 |
