当时，唐军在朝鲜半岛南北皆用兵，北方的唐军主力在苏定方的率领下正围攻平壤城，久攻不下，呈胶着状态。南方由于日军的介入，胜负的天平顿时向日军和百济军方面倾斜。这引起了南方唐军将士的恐慌。恰逢此时唐高宗诏令刘仁轨与新罗协商，尽快先解决北部与高句丽的战事，然后再挥师南下解决百济与日本的联军。然而刘仁轨却不这么认为，一则南部唐军本来人数就不多，北上对高句丽不会增加多大的威胁，况且后面有鬼室福信追击，恐怕一撤即溃；二则他当时已看出鬼室福信飞扬跋扈，功高震主，扶余丰不会容忍，预言百济将有内讧发生，此时应该静观其变。后来事件的发展，也正如刘仁轨所料，百济确实发生了变乱，国力受到了严重的削弱。
◎ 中日历史上第一次战争——白江口海战
日本为了增加在朝鲜半岛南部的对抗的力量，在发动对新罗军队的进攻后不久，遣往百济的水军也跟着从海路赶来参战。百济王扶余丰听到此消息后，非常高兴，让王子和先前到达的倭军一同守卫周留城，自己则率军亲赴白江口迎接日本水军。正巧此时刘仁轨向高宗请求的唐朝援军也到了，唐军士气因此大振。诸将商讨攻击重点，最后决定唐罗联军兵分两路，由刘仁愿等率军自陆路进发，刘仁轨等则率水军从白江口溯江而上，夹击周留城。
663年9月，刘仁轨所率唐军170余艘战舰准备从白江口溯江而上时，遭遇了已经先期来到江口的日本水军。当时日本水军虽有船只千余艘，却船小不利于攻坚，而唐军战舰数量虽然不多，却高大结实。结果一个回合下来，日军便败退了。
唐军没有追击，而是摆下阵势，继续严阵以待。日军诸将计议，只要充分利用他们船多势众，一拥而上，全力进攻，便一定能迫使唐军后撤，然后再乘胜追击。于是，日本水军也不讲究战斗队形，便蜂拥冲向阵形齐整的唐朝水军。唐舰八字摆开，布下口袋阵，任由日军冲向本方腹部。须臾之际，唐舰马上左右合拢，将日战船围困其中，居高临下，展开攻击。日本水军被困于狭窄区域，舻舳相撞不得回旋，只得引颈就戮，军士落入水中溺死者不计其数。
此后，唐日水军又数次交战，但日军每战皆败。白江口之战，唐军一共焚毁日本战船400余艘，杀敌不计其数，海水尽皆染红。日本水军惨败消息传至周留城，守城的百济王子率军投降，百济自此彻底灭亡。日本陆军赶忙从周留城及其他地区撤退回本国。
唐日白江口海战后，既彻底灭亡了百济，又打击了日本的扩张野心。自此次日本失败，直至丰臣秀吉入侵朝鲜，日本未曾再向朝鲜半岛用兵。
二、日本遣唐使与唐高僧鉴真东渡
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