另一件虽费周折却最终告成的重要事宜，是在拉萨设立了蒙藏委员会驻藏办事处。在清王朝时期，中央政府在藏设有驻藏办事大臣，其地位与达赖班禅平行，凡西藏军政之重要问题及官吏任免等，皆由驻藏办事大臣转报朝廷核办。
国民政府成立后，原驻藏大臣改为驻藏办事长官。１９１３年始，以钟颖接原驻藏办事大臣联豫之后为办事长官。然而未久钟颖即被藏人驱逐，离开了西藏区域，中央政府又改派陆兴祺为护理驻藏办事长官，而陆兴祺行至印度却未能入藏，只得奉命在加尔各答组织办事公署，这自然起不到应起的作用，中央政府驻藏办事机关于此告中断。
１９３４年，入藏祭吊十三世达赖的专使黄慕松，于公务完毕返京时，将专使行署参议刘朴诚、蒋致余留在拉萨，接洽未了事宜。中央政府总算是有人留在藏区了，但没有正式设立机关。
此后不久，刘朴诚病故，蒋致余又于１９３８年夏返渝，只剩下国府交通部无线电台台长张威白，以蒙藏委员会咨议身份，在藏司职维系。这种仅有人员而无机构的状况，一旦人员变动，将无法确保中央在藏驻有要员的制度延续不辍。
此次十四世达赖在中央政府支持下转世坐床，西藏与内地关系又见密切起色，有待洽商之事亦日渐增加，吴忠信为适应需要展开工作，决意不放过这一契机，所以亟谋在西藏设立具有权威的正式机关，使中央在藏驻有要员的制度，有所依托和切实的保障。
对驻藏机构的名称，行辕的人员颇费了一番心思。最初拟从“蒙藏委员会委员长驻藏行辕”或“蒙藏委员会驻藏办事处”两者中择一而用。并将这两个名称电报行政院核示。
３月８日，行政院复电行辕，说前者不合体制，后者地位嫌低，应恢复设立中央驻藏办事长官公署，嘱在藏行辕官员与西藏地方政府商洽。吴忠信遂派行辕顾问奚伦，往晤热振呼图克图，提出商讨。
心向中央政府的热振呼图克图，为避免英国方面及西藏地方政府中部分有分裂倾向的人士从中阻挠，导致在商议中出现僵局，反有碍成事和相互间的情感，就向吴忠信建议，请他尽可先行返渝复命，俟将来时机许可时，再请中央政府在西藏设立办事机构。
吴忠信将晤谈的情况及时电呈行政院，并请示办法。一周后接到行政院复电，告已准照以前所拟设置机关两名称择一为之。吴忠信看到中央政府来电的表态，十分欣喜，有了中央政府的授权，下面的事情就好办了。
他当机立断决定设立蒙藏委员会驻藏办事处，而不再与西藏地方政府商洽。西藏的实地感受，使吴忠信越发感到中央政府在西藏建一机构作为维系的必要。而且他深知，倘若就此再与西藏地方商议，必然又是口舌宕延，终至无功而返，所以他决定仅以正式通知方式知照噶厦当局。
３月２５日上午，吴忠信在拉萨发表任命蒙藏委员会藏事处处长、行辕第一组组长孔庆宗为首任驻藏办事处处长，蒙藏委员会咨议张威白为副处长，限于４月１日在拉萨成立蒙藏委员会驻藏办事处。同时，他分别派员，当面向热振及噶厦政府叙说设立蒙藏委员会驻藏办事处一事及官员任命，并递交了知照公函。
入藏主持十四世达赖坐床大典圆满告成，有人评论说：吴忠信此行“恢复中央在藏主权之行使，协调中央与西藏之关系，从旧例中开创出新形势，以建立基础，安定西陲，其对国家的贡献良多，勋绩实至伟大。”这样的评价是恰如其分的，绝非夸大之词。
４月１４日，除出任蒙藏委员会驻藏办事处的人员外，吴忠信率行辕诸官员告别拉萨，循原路经印度东返。 |
