10月15日，俄联邦军队驻北高加索部队联合集群司令卡赞采夫宣布，第一阶段战役已经结束，俄军按计划在车臣境内建成安全区。沿车臣边界建立的安全区宽5～10公里、长约450公里，共设3道防线。第一道由俄罗斯内卫部队防守，负责检查进出车臣边境的人员和物资，第二道和第三道防线由俄罗斯正规军防守，负责打击突破头道防线的匪帮。安全区的建立，使非法武装占领区与俄罗斯毗邻地区隔离开来，车臣大部处于俄军的包围之中。在第一阶段战役中，俄军共歼灭非法武装分子2000余名，摧毁非法武装半数武器装备。
10月16日，反恐怖行动转入第二阶段。该阶段的主要任务是，全面封锁非法武装聚集地，继续扩大战果。
在北部地区站稳脚跟后，俄军一鼓作气，于10月21日渡过具有战略意义的捷列克河，在河右岸向车臣纵深挺进。
11月初，俄军用导弹摧毁了设在格罗兹尼的车臣非法武装司令部，并击中了马斯哈多夫和车臣头号恐怖分子巴萨耶夫在格罗兹尼的住宅，两人因当时外出，侥幸逃生。在反恐怖行动中，空军承担了70％的作战任务，为顺利剿匪立下了汗马功劳。
面对俄军的强大攻势，车臣当局多次发出停火和谈呼吁，但均遭俄方拒绝。普京明确表示，车臣不交出巴萨耶夫、哈塔卜等恐怖分子，不停止分裂活动，俄军决不收兵。
11月12日，俄联邦军队的反恐怖行动取得重大胜利，车臣第二大城市古杰尔梅斯不攻自克。
古杰尔梅斯的城防司令是雅马达耶夫，一直与车臣总统马斯哈多夫有分歧，但马斯哈多夫还是让他驻防古杰尔梅斯。10月末，俄军包围了古杰尔梅斯，并开始与驻守在城里的雅马达耶夫谈判。
马斯哈多夫发现了这一迹象后立即派人说服雅马达耶夫，车臣东部战区指挥员、匪首巴萨耶夫也亲临古杰尔梅斯，他甚至还威胁说：“如果你们不保卫城市，我替俄军先毁了你们的城市!”与此同时，马斯哈多夫还派精锐部队前来守城，但雅马达耶夫就是不放他们进城，他们只好在城外郊区驻防。
俄军每天对城外守军进行猛烈轰炸，不与他们进行近距离接触，匪徒死伤惨重，近一半的匪徒被消灭。俄军在一个被击毙的匪徒身上还发现了一张城区建筑和街道布雷图，这为以后俄军在城里开展清剿工作减少了很多麻烦。
12日早晨8时，在车臣战地指挥员雅马达耶夫的士兵及当地宗教领袖卡德罗夫的带领下，俄军进入古市，没有遇到任何抵抗。当天，俄在城市中心广场召开了群众大会，升起了俄罗斯国旗，并选举小学女教师盖季米耶娃为古市市长。古杰尔梅斯的城防工作仍由雅马达耶夫的部分士兵负责，他的另外一部分士兵将编入联邦军队，并参加下一步解放车臣其他地区的活动。 |
