第二届国家杜马议员联盟的这种构成状况，决定了国家杜马与总统和政府的关系始终处于紧张状态。国家杜马对叶利钦总统不断更换政府总理的做法十分不满，在通过总统提名的政府总理人选时，多数情况下采取了对抗或不合作的态度，但迫于总统有权解散国家杜马的压力，又不得不在最后时刻批准总统提出的总理人选。
为此，国家杜马一些议会党团和议员团提出要修改宪法有关条款，限制总统“随意”解散政府的权力。1999年9月22日，国家杜马最终未能通过由俄共等左翼议会党团提出的限制总统解除总理职务权力的宪法修正案。此前，1999年5月，国家杜马也未能通过由俄共等议会党团提出的弹劾总统的提案。这反映了国家杜马多数党派不希望局势进一步复杂化，结果不仅使叶利钦仍然掌握主动权，而且使左派受挫，威信下降。
正是在国家杜马中的反对派力量不断对总统、政府施以颜色，却又不得不以妥协告终的情况下，俄罗斯迎来了新一届国家杜马选举。
这时普京已开始崭露头角，他迫切需要安抚国家杜马，特别是其中最大的反对派俄共议会党团。普京没有像叶利钦那样对俄共这个左派政党采取强硬态度，而是表现了较大的灵活性，摆出了一副宽容、和解、寻求合作的姿态，时不时地还对俄共及其领导人说上几句出人意料的称赞之词。但靠安抚解决不了根本问题，要想不受掣肘，只有搞定国家杜马，而组建自己的政党则是最好的一个办法。
这时，尽快组建一个新的政党，打破反对党的掣肘，成为普京最紧迫的政治任务，对此，普京岂敢怠慢？在关注车臣战事的同时，普京开始着手组建竞选联盟，为备战1999年12月19日的杜马选举和第二年的总统选举做准备。
在普京的积极干预下，由紧急情况部部长绍伊古领导的“团结联盟”于1999年10月3日宣布成立。在杜马选举前夕，普京利用自己在车臣战争中赢得的个人威望，对新闻媒体公开声明将投票支持“团结联盟”。联盟领导人绍伊古也表示，“团结联盟”的竞选目的是在杜马中建立一个支持政府的议会团体。
由于拥有强大的资金支持、媒体支持、政府支持和在正确的竞选方针指导下，在1999年12月19日的杜马选举中，成立仅两个多月的“团结联盟”得票率为23.32％，比俄共仅少一个百分点，加上单名制选区获得的10个席位，共获得74个议席，一跃成为杜马中第二大议会党团。
“团结联盟”在杜马选举中的获胜无疑给总统叶利钦吃下了一颗定心丸，有亲政府的议员团的支持，自然有利于政府开展工作，尤其是亲眼目睹了普京上任4个月内做出的成绩：车臣战争的胜利、杜马选举的顺利进行、国内局势的稳定、普京不断上升的个人威望，叶利钦意识到自己提前引退的时机成熟了。
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