此外，普里马科夫在一系列重大问题上还开始与叶利钦唱对台戏。1999年初，普里马科夫曾要求叶利钦签署自愿放弃宪法规定部分权利的声明，这被叶看作是普里马科夫为削弱自己权力地位而采取的一大措施，因而十分不满。
此时的叶利钦已经十分“疲倦”，加上健康状况恶化，明显有些力不从心，从这时起，他开始考虑接班人的问题了，而普京就在他考虑的人选之列。
普京到莫斯科后，无论担任何种职务，他依旧保持着自己严谨的工作作风，与政界各党派团体保持距离，忠心耿耿地做好自己份内的事情。凭借自己独特的处事办法和工作作风，普京在首都的地位得到了巩固，同时也受到总统叶利钦的赏识。尤其是处理完“斯库拉托夫事件”后，普京已完全成为叶利钦心目中无人能替代的角色。
1999年初，俄罗斯总检察长斯库拉托夫指控叶利钦的亲信别列佐夫斯基和女儿塔季雅娜涉嫌经济犯罪，下令展开调查。叶利钦决定解除斯库拉托夫的职务，但是他的决定在俄罗斯议会上院联邦委员会未被通过。一时间，叶利钦及其家人陷入了极其尴尬的境地。
就在这个时候，事情出现了转机。3月16日，俄罗斯电视台播放了一段酷似斯库拉托夫的人同妓女鬼混的录像。很显然，这件事情的曝光与联邦安全局脱不了干系。普京又立下了奇功一件，在叶利钦面前又增加了印象分。
而叶利钦的回报则是加官晋爵，委以重任。1999年3月29日，叶利钦把俄罗斯安全会议秘书这一重要职位交给了普京。
俄罗斯安全会议属于国家决策机构，成员由国防部长、内务部长、联邦安全局局长、外交部长等强力部门的领导组成。安全会议主席由总统担任，安全会议秘书负责该机构的日常事务。
在1996年总统选举时，为了在第二轮选举中击败俄共领导人久加诺夫，叶利钦曾让在第一轮选举中排名第三的亚历山大·列别德担任安全会议秘书，以此赢得了更多的选票，稳获大选胜利。这一职位的重要性由此可见一斑。
普京是俄罗斯历届政府中第一个身兼联邦安全局局长和安全会议秘书两职的政府官员。一人身兼两职意义重大：一方面，安全委员会正式代表国家元首监督所有强力部门；另一方面，联邦安全局是借助专门力量和手段从内部实行监督所有强力部门的机构。换言之，一身兼任两个职务，既可以大大加强联邦安全局的工作，又在某种程度上扩大了安全委员会落实其内部决策的可能性。
普京在这个岗位上只干了不足5个月，尚未来得及有更大的作为，便又履新职。1999年8月9日，叶利钦宣布解除斯捷帕申的总理职务，任命普京为代总理，并确定他为自己的继承人。 |
