这次“钢轨战争”造成了交通瘫痪，导致一些地区出现燃料供应紧张，一些对联邦中央早已心怀不满的联邦主体开始趁火打劫：一些地区威胁要实施紧急状态，斯塔夫罗波尔边疆区也发出禁止将本地区粮食运输到外地的禁令，卡尔梅克共和国总统伊柳姆日诺夫后来还提出了建立独立国家的要求。眼看着俄联邦政府面临着全面失去对地方控制的危险，叶利钦想到了普京，而普京也没有让他失望，很快控制了局势。
纷繁复杂的局势给刚刚登上总统办公厅第一副主任宝座的普京带来严峻的考验，他清醒地认识到，如果不能及时制止分裂主义势力进一步发展的势头，不仅俄国内形势稳定将有可能因此出现新的动荡，而且俄联邦的完整和统一也将面临空前的挑战。因此，他上任后立即使出自己的浑身解数，使用强硬手段对地方行政长官谋求独立的任何企图进行了全力遏制。
由于普京手段强硬，俄国内不少对其政策持批评态度的人开始大骂其为“帝国主义者”。但普京不为任何人所动，继续坚持用“猛药”医治顽疾，从而迅速整顿了中央与地方的关系。
在担任总统办公厅第一副主任期间，他依靠铁腕政策，重新树立克里姆林宫的绝对权威，其铁腕政策虽然得罪了不少蠢蠢欲动的地方首脑，但在叶利钦面前却屡得高分。而普京最令叶利钦及其家人欣赏的地方，就是他一贯地保持着谦虚、忠诚的本色。
在总统办公厅工作期间，普京时时保持着低调态度。他很少接受记者的采访，不在电视上露面，更不发表任何文章。而对叶利钦总统，他又处处维护其政治形象，积极为其出谋划策，自己却从没有任何的政治野心。就这样，“放心干部”普京很快得到了叶利钦及其家人的高度信任，从而成了叶利钦总统办公厅人气最旺的“红人”，为今后的火箭式升迁埋下了伏笔。
普京在监督总局及总统办公厅的表现叶利钦很快就注意到了，但他同时也没有忘记普京的克格勃出身。叶利钦知道，虽然在前苏联时期克格勃往往凌驾于其他部门之上，甚至凌驾于法律之上，不过总的来说，克格勃只是工具，别人可以用，他也可以用，而且必须用。
叶利钦对这个具有悠久历史和庞大机构组织的情报机构进行了改革和重组。1992年1月，叶利钦签署命令，成立俄罗斯国家安全部取代中央情报局。但这个自己非常重视的部门的很多人却介入了议会反对自己的斗争，让叶利钦十分恼火。在“炮打白宫”事件之后，他取消了俄罗斯国家安全部，代之以反间谍局，这个局后来又重组为俄罗斯联邦安全局。目前的俄罗斯情报系统由联邦安全局和对外情报局组成。从某种意义上来说，这两个机构都是克格勃的继承者，不过已然脱胎换骨。 |
