正如迄今为止关于“阿波丸”事件的信件所表明的那样，“阿波丸”事件的真相和详细情况还在进一步的调查当中。现在还在搜集有关情报，为了追究这次惨案的直接责任人，潜水艇舰长已受到军事法庭的调查询问。在法官尚未判定责任究竟在何方之前，美方不可能立刻接受日方的指责，并把事件的全部责任承揽在自己身上。
美国政府对日方关于这艘船是美国政府授意击沉的指责表示坚决的否认。美国政府决不会故意破坏与外国政府签订的协议。美国方面敦请日本方面相信，我们将迅速查明事实真相，并致力于将责任究查到底。
美国政府将根据调查结果和军事法庭审判的结论与判决，进行迅速而公正的处置。
美国政府认为，包括日本军政官员在内的许多日本人都乘这艘船脱离危险境地。因此，有关使用这艘船的正当性方面还存有疑问。尽管如此，美国政府对事件中的众多遇难者深表遗憾，并对遇难者家属表示深切的同情。
潜水艇在遇难现场曾经使用各种方法救助幸存者，但当时落水者都无视(或无法看到)潜水艇为救人投出的救生绳，这也是导致他们死亡的原因之一。
这次事件和日本政府对日方控制区域的俘虏和扣留人员没有任何关系。美国政府对于美方扣押的日本人一直给予良好的待遇。在此，也希望日方不要因此事件而恶化日军所扣留的盟国人员的待遇。
如果因此出现对美方被扣留人员采取报复性的行为，美国政府将予以严重关注。此点希望日本政府特别注意，在事件真相水落石出之后，一定严惩为报复而下达命令和执行命令的人。
华盛顿还表示，他们了解的全部情况都已经通过瑞士代表团通报给了日本政府，“一旦有新的情况将及时通报”。
美国政府对“阿波丸”事件表示遗憾，尤其对死难者表示了同情，但是美国政府的立场并没有丝毫的软化：一是拒绝立即承担责任；二是仍然坚持继续运送人道主义物资，并且警告日方将对报复行为承担严重后果。
双方的态度显然没有一个接近点或者达成某种一致。由此，日本政府5月16日，提出了第二次抗议。内容是：
一、日本政府提出以下三点，要求美国政府立即作出答复:
1. 美国政府向日本政府谢罪;
2. 美国政府处罚事故责任人，并将结果通报日本政府;
3. 美国政府对以下事项进行赔偿：a.遇难的船员；b.遇难的乘客；c.幸存者的损失、船只的损失；d.所装货物的损失。 |
